צ'כוסלובקיה הכירה רשמית במדינת ישראל ב-18 במאי 1948[2]. מונה ד"ר גרינוולד, יהודי צ'כי כקונסול בתל אביב. במקביל המשיך בתפקידו הקונסול הכללי שישב בירושלים עוד מתקופת המנדט הבריטי[3].
בינואר 1950 העלתה צ'כוסלובקיה את דרג הנציגות שלה בתל אביב מקונסליה לצירות. הציר שמונה, ד"ד אדוארד גולדשטיקר, הגיש את כתב האמנתו לנשיא חיים ויצמן ב-18 בינואר 1950[4]. אדוארד גולדשטיקר היה יהודי, חבר השומר הצעיר, ב-1939 ברח לאנגליה, חבר לממשלה הצ'כית הגולה בלונדון, ושימש נציגה בפריז[5]. ביוני 1950 נחנך מבנה הקבע של צירות (אחר כך שגרירות) צ'כוסלובקיה בשכונת קריית מאיר בתל אביב[6].
בעקבות משפטי פראג בנובמבר 1952 נקרא השגריר אדוארד גולדשטיקר לשוב לפראג ולא מונה לו מחליף[7].
ביולי 1956, חודשו היחסים הדיפלומטיים המלאים בין שתי המדינות, וצ'כוסלובקיה מינתה שוב ציר בתל אביב[8].
בעקבות מלחמת ששת הימים ניתקה צ'כוסלובקיה, יחד עם שאר מדינות הגוש הסובייטי את יחסיה עם ישראל והשגרירות נסגרה.
ב-1990 חודשו היחסים הדיפלומטיים בין המדינות, והשגרירות נפתחה מחדש[9].