נולדה בשם גולדה לישנסקי, אך ראתה בשמה ביטוי לגלותיות, ולכן המירה אותו בשמה העברי רחל ינאית. את השם 'ינאית' בחרה כשם משפחתה על שם המלך החשמונאיאלכסנדר ינאי, שהיה גם כהן גדול, והרחיב מאוד את גבול שלטונו בארץ ישראל. הבחירה ב"ינאי" קשורה גם בדמיון הצלילי לשם אביה, יונה.[2] היא נשאה את שם משפחתה זה גם לאחר נישואיה ליצחק בן-צבי.
ב-1907 הגתה ינאית את הרעיון להקמת קופה לעידוד ההגירה של פועלים יהודים לארץ-ישראל וביסוסם הכלכלי, החברתי והתרבותי במשק של היישוב (לימים קפא"י - קופת פועלי ארץ ישראל), במאמר שפרסמה בעיתון "פארווערטס". באותה שנה נבחרה לחברת מרכז המפלגה, והייתה ה"חברה" (כלומר אשה) היחידה.
ינאית עסקה יחד עם בעלה לעתיד בשמירה ובהגנה – תחילה בארגון "בר גיורא" ולאחר מכן בארגון "השומר". ב-1910 התמנתה ינאית כחברה ב"ועדת הזדיינות" של מפלגת פועלי ציון שמטרתה הייתה להוות גוף מפלגתי מפקח עליון על ארגון השומר ועל "אגודת ההתעמלות" "שמשון". ועדה זו מנתה גם את יצחק בן-צבי, זאב אשור ויונה טאוב.[6] במסגרת "השומר" הכירה ינאית את מניה שוחט, שהפכה לחברתה הקרובה.[7] בשנים הבאות נסעה לננסי, שם למדה חקלאות והוסמכה כמהנדסת, לאחר שעמדה בבחינות. לאחר לימודיה עברה התמחות אצל חוואים צרפתים. רחל חזרה ארצה עם הידיעות הראשונות אודות מלחמה צפויה. בעת מלחמת העולם הראשונה שימשה ינאית כאשת קשר בין ארגון השומר לבין תנועת ניל"י והייתה לאחת מחברות הוועד של הארגון.
בשנת 1919 הקימה רחל ינאית על מגרש סמוך לביתה בשכונת רחביה (כיום "בית החלוצות") משתלת צמחים שכונתה "משק הפועלות", כמשקים נוספים ברחבי הארץ. במשתלה זו ביקשה ינאית להכשיר חלוצות במלאכת החקלאות והבוטניקה. הן התמחו בנטיעת עצים ובגידול פרחים. ינאית שכנעה את מושל ירושלים, רונלד סטורס לטעת עצים ממשתלתה ברחבי העיר והם ניטעו בעיקר ברחביה, בתלפיות ובבית הכרם. בשנת 1928, בשל מצוקת מקום והתנגדות חרדים, הועתק "משק הפועלות" מרחביה לאזור ארמון הנציב, מזרחית לשכונת תלפיות לשטח בגודל של 50 דונם שנרכש על ידי הקרן הקיימת לישראל. המשק חרב בפרעות תרפ"ט (1929), אך שוקם. ב-1933 קמה במקום "חוות הלימוד", כפנימייה לנערות.
ב-1924 נקשר שמה כמי שנתנה את ההוראה לרצח יעקב ישראל דה האן. אברהם תהומי, ממבצעי הרצח טען שקיבל את ההוראה מיצחק בן-צבי, אלא שיצחק בן-צבי לא היה בעל תפקיד בהגנה וייתכן ששימש למעשה כשליחה של רעייתו, שהייתה בכירה ממנו בארגון. לסיפור הרצח יש מספר גרסות והוא נותר בגדר תעלומה.[11]
לאחר קום המדינה
ליצחק ורחל ינאית נולדו שני בנים: עמרם ועלי. לפי זכרונות יצחק בן צבי, השם "עלי" נבחר לבן הצעיר על ידי הוריו כאשר בשבוע הראשון להוולדו, בעוד אמו בבית החולים, נתקיימה בירושלים מועצת ההסתדרות, כשבמרכזה עמדה בעיית העלייה. במלחמת העצמאות, באדר ב' תש"ח, אפריל 1948, נפל עלי בקרב בית קשת[12] והוא בן עשרים וארבע שנים בנפלו.[13][14]
לאחר קום המדינה פעלה ינאית רבות בקליטת העולים מגל העלייה ההמונית. ב-1948 הקימה כפר חקלאי לנוער עולה בכפר עין כרם שתושביו הערבים נטשו אותו. בשנות החמישים העתיק הכפר את מקומו מחוץ לעין כרם אך סמוך לו, מה שלימים נקרא "כפר הנוער עין כרם". לאחר שבעלה התמנה לנשיא המדינה ב-1952, היא פתחה את בית הנשיא למקום עלייה לאנשים מכל שדרות העם.
ספרהּ האוטוביוגרפי "אנו עולים" מתאר את קורותיה עד תום מלחמת העולם הראשונה, השזורים בקורות היישוב.
רחל ינאית בן-צבי הקימה את קרן הספריות לילדי ישראל, שכיום נקראת "קרן הספריות לילדי ישראל מיסודה של רחל ינאית בן-צבי". בקרן פעלו לצידה במשך השנים מספר מתנדבות, ובהן הדסה בריל-נועם.
ב-2 בדצמבר1991, השירות הבולאי הנפיק בול דאר לזכרה שעליו מופיע הדיוקן שלה. הבול עוצב על ידי האמנית רות מלכא (בקמן). על שובל הבול מופיע הכיתוב הבא: " צריכה להעסיק אותנו ...יצירת תבנית חיובית...ללא פערי עדות ושכבות".[19]