בשנים 1383–1385 התנהלה בפורטוגל מלחמת אזרחים אשר החלה עם מותו של המלך פרננדו הראשון. המלך לא השאיר אחריו בן זכר כיורש, אך לפני מותו חתם על הסכם נישואין של בתו היחידה הנסיכה ביאטריש, עם חואן הראשון, מלך קסטיליה. האצולה הפורטוגזית לא קיבלה את ההסכם, אשר משמעותו הייתה העברת השלטון בפועל לשושלת החדשה, ולמעשה השתלטות של מלכי קסטיליה על פורטוגל, וגם מעמד הסוחרים העשירים של ליסבון התנגד לו.
סדרת מעשי עוינות הדדים החלה מיד עם מותו של המלך בדצמבר 1383. קרב משמעותי ראשון, "קרב אטולירוס", התרחש באפריל 1384 בין קבוצת קרב קסטיליאנית לכוח פורטוגזי בפיקודו של הגנרל נונו אלוורש פריירה (Nuno Álvares Pereira), אשר נתמך בכוחות סיוע אנגלים. הקרב הסתיים בניצחון פורטוגזי ללא נפגעים. כוח קסטיליאני גדול יותר, בפיקודו של המלך עצמו, הטיל מצור על ליסבון, אך נאלץ לסגת לאחר כארבעה חודשים כתוצאה משיבושי ההספקה והטרדות מצד כוחות פורטוגזים אשר זינבו בו.
באפריל 1385 הכריז על עצמו ז'ואאו, דוכס אביש, בתמיכת ממלכת אנגליה, כמלך ז'ואאו הראשון מפורטוגל. הוא החל במסע לגיוס תמיכה עממית גם בערים אשר הביעו את תמיכתם בעבר בנסיכה ביאטריש והמלך חואן הראשון מקסטיליה, והעביר את תמיכתם אליו.
הקסטיליאנים אשר ראו במעשיו של ז'ואאו הראשון מעשה מרידה, פלשו בכוח בן 31,000 חיילים לפורטוגל תוך שהם מגרשים ושורפים יישובים מאוכלסים בדרכם. כוחות פורטוגזים אשר התנגשו בכוח הקסטיליאני, הביסו אותו בקרב טרנקוסו בתחילת יוני. בשלב זה החליט ז'ואאו הראשון, בהתייעצות עם הגנרל פריירה ובעלי בריתו האנגלים, ליזום קרב מכריע נגד הכוחות הקסטיליאנים. הפורטוגזים בחרו לפגוע ממארב בכוח קסטיליאני באזור אלז'וברוטה, המתאפיין בפני שטח של גבעות שטוחות, מוקף גאיות, ומיושב בדלילות.
מהלך הקרב
הכוח הפורטוגזי התמקם בחלק הצפוני של אזור הקרב, כשהוא צופה לכיוון שממנו יגיעו הכוחות הקסטיליאנים. מיקום זה הבטיח לכוח הגנה טבעית של הגאיות משני הצדדים של המערך הלוחם. בחלקו האחורי של הכוח הממוקם בחלקה העליון של גבעה, הוצבו מכשולים ומלכודות.
עם הגעתם, הבחינו הכוחות הקסטיליאנים במערך הפורטוגזי והמלך חואן הראשון החליט להימנע מעימות בתנאים אלה. הכוחות הקסטיליאנים החלו לנוע מסביב לגבעה במטרה לחפש מיקום עדיף מבחינתם למתקפה וניהול הקרב. לבסוף החליטו לבצע מתקפה מן האגף הדרומי. הכוחות הפורטוגזים הגיבו במהירות לתוכנית המתקפה הצפויה ושינו את היערכותם בכיוון הצפוי שלה. בנוסף לכך ובהתאם לתוכניות המלחמה ההגנתיות של בעלי בריתם האנגלים, בנו הפורטוגזים במהירות סדרה של תעלות הגנה ומכשולים, היעילים בעיקר מול כוח פרשים האופייני לקסטיליאנים.
הקרב נפתח בתנועה קדימה של כוח הפרשים הכבד של הצרפתים, בעלי בריתם של הקסטיליאנים. הפרשים הכבדים נתקלו במכשולים שנפרסו מבעוד מועד, וספגו אבדות כבדות מירי הקשתים הפורטוגזים שהמתינו להם. בשלב זה התארגן הכוח הקסטיליאני העיקרי והגדול להתקפה ישירה על הכוח הפורטוגזי המרוכז בתווך שבין שני הגיאיות. הם החלו לנוע במעלה הגבעה, תחת מטר כבד של חיצי הקשתים האנגלים תוך שהם נעים בכבדות, מכוסים בשריון כבד, בחום הלוהט של אוגוסט. ז'ואאו מלך פורטוגל פיצל את הכוח העיקרי שלו משני צידי הגבעה, וכך נלכדו הקסטיליאנים לאש צולבת משלושה כיוונים תוך שהם סובלים אבדות קשות.
תוצאות הקרב
בתוך שעה אחת בלבד מפתיחתו, ועוד לפני שקיעת השמש, הסתיים הקרב. הפורטוגזים הצליחו לתפוס את דגל המלחמה הקסטיליאני, והלוחמים אשר חשבו כי מלכם נהרג, ברחו בבהלה. חואן הראשון, שלא נהרג, ברח במהירות משדה הקרב, והשאיר את חייליו לבדם ללא מפקד. הכוחות הפורטוגזים פתחו במרדף אחרי הקסטיליאנים הנמלטים והמשיכו לפגוע ולהרוג בהם. מספר האבדות של הקסטליאנים היה כה גדול עד שז'ואאו הראשון מלך פורטוגל איפשר לניצולים המעטים לשוב לביתם ללא פגע. בקסטיליה הוכרז אבל לאומי עד חג המולד של 1387.
באוקטובר 1385 פתחו הפורטוגזים במתקפת מנע נגד העיר הקסטיליאנית מרידה, והביסו בקרב ולוורדה כוח קסטיליאני גדול יותר אף מזה שהובס בקרב אלז'וברוטה. תקריות גבול בין שתי המדינות נמשכו עד שנת 1390, ומותו של חואן הראשון מלך קסטיליה.
הניצחונות החד משמעיים של הכוחות הפורטוגזיים הבטיחו את המשך השלטון של המלך ז'ואאו ושושלת בית אביש כשליטי ממלכת פורטוגל.
את הניצחון בקרב, הנחשב לקרב העצמאות של פורטוגל, חגג המלך ז'ואאו בהקמת מנזר "מרים הקדושה של הניצחון", בו קבורים הוא, אשתו, וכמה מצאצאיו (בימינו אתר מורשת עולמית), ובהקמת עיר בשם "הקרב" (Batalha).
בשנת 1386 חתמו פורטוגל וממלכת אנגליה על הסכם הגנה ושיתוף פעולה הדדי, "הסכם וינדזור". הסכם זה נותר בתוקף עד ימינו אלה, ונחשב להסכם הבין מדינתי העתיק ביותר שעדיין מתקיים.
בשנת 1411 חתמו פורטוגל וקסטיליה על הסכם "אייטון-סגוביה" ועל פיו הכירה ממלכת קסטיליה בעצמאותה של ממלכת פורטוגל.