נישיקורי נולד בעיר מצואה במחוז שימאנה שביפן לאימו ארי, מורה לפסנתר ולאביו קיושי מהנדס במקצועו. הוא החל לשחק טניס בגיל חמש וכבר בנערותו הוא התבלט בטניס, כשבשיאו הגיע למקום ה-7 בעולם לנוער. בשנת 2004 עבר לפלורידה והצטרף לאקדמיית הטניס של ניק בולטיירי בגיל 14 בלבד.
קריירה
את הקריירה המקצוענית התחיל בשנת 2007 בגיל 17.
2008
ב-2008 זכה נישיקורי בתואר ה-ATP הראשון בקריירה שלו בדלריי ביץ' עם ניצחון בגמר על האמריקאי ג'יימס בלייק.
לאחר מכן הפסיד נישיקורי בסיבוב השני של טורניר סן חוזה לאמריקאי אנדי רודיק. באינדיאן וולס נישיקורי עבר את המוקדמות אך הפסיד בסיבוב הראשון לקרואטי מרין צ'יליץ'. גם במיאמי לא הצליח והפסיד כבר בסיבוב הראשון לאלברט מונטנייס הספרדי. נישיקורי זכה בתואר מסבב הצ'לנצ'ר עם ניצחונות על דודי סלע, על ארנסטס גולביס ועל ויקטור טרויצקי בגמר. באליפות צרפת הפתוחה הפסיד נישיקורי כבר במוקדמות. נישיקורי השיג הישג יפה כשבטורניר קווינס שבאנגליה הגיע נישיקורי עד שמינית הגמר שם הפסיד לספרדי רפאל נדאל במשחק עיקש של שלוש מערכות. באליפות וימבלדון פרש בסיבוב הראשון נגד מארק גיקל הצרפתי. באליפות ארצות הברית הפתוחה קבע שיא בקריירה שלו באותה העת כשהגיע עד לשמינית הגמר של אליפות ארצות הברית הפתוחה והדהים את עולם הטניס בכך שדורג במקום ה-126 ובדרך לשלב זה באליפות ניצח את חואן מונקו שדורג 32 ואת דויד פרר שדורג 4. את השנה סיים בהגעה לחצי גמר טורניר סטוקהולם שבשוודיה. את השנה סיים נישיקורי במקום ה-64.
2009
נישיקורי שיחק רק 9 משחקים בשנה זו בעקבות פציעה. בבריסביין הגיע נישיקורי עד רבע הגמר עם ניצחונות על בובי ריינולדס ועל תומאש ברדיך וברבע הגמר הפסיד לפול-אנרי מתייה. באוקלנד פרש בסיבוב הראשון. באליפות אוסטרליה הפתוחה הפסיד בסיבוב הראשון ליורגן מלצר האוסטרי. לאחר מכן השתתף נישיקורי בטורניר סאן חוסה וניצח את ז'יל מולר מה שהיה ניצחונו האחרון בשנה זו.
נישיקורי הפסיד בסיבוב השני לחואן מרטין דל פוטרו, השתתף בממפיס ואינדיאן וולס ובשניהם הפסיד בסיבוב הראשון. בכל שאר השנה נישיקורי לא היה פעיל. נישיקורי סיים את השנה במקום ה-420.
2010
בשנת 2010 ניסה נישיקורי צעד אחר צעד לחזור לסבב. הוא זכה ב-4 תוארי צ'לנג'ר. באליפות אוסטרליה הוא לא השתתף. באליפות צרפת הפתוחה נישיקורי הפסיד בסיבוב השני לנובאק ג'וקוביץ'. בעונת הדשא גם כן לא הצליח ובטורניר איסטבורן לאחר שעבר את המוקדמות הפסיד כבר בסיבוב הראשון. בווימבלדון גם כן הפסיד בסיבוב הראשון לרפאל נדאל. נישיקורי התאושש באליפות ארצות הברית הפתוחה כאשר עבר את שלושת סיבובי המוקדמות ניצח בסיבוב הראשון ובשני כשבסיבוב השלישי פרש ממשחקו נגד אלברט מונטנייס. בטורנירי סבב ה-ATP לא ניצח עוד משחקים בשנה זו. את השנה סיים נישיקורי בין ה-100 הראשונים בעולם.
2011
נישיקורי הגיע עד לרבע גמר טורניר צ'נאי שבהודו והפסיד לסרבי ינקו טיפסרביץ'. באוסטרליה הגיע עד הסיבוב השלישי והפסיד לפרננדו ורדאסקו. בדלריי ביץ' הגיע עד חצי הגמר והפסיד לינקו טיפסרביץ'. במיאמי הפסיד בסיבוב השלישי לרפאל נדאל.
נישיקורי המשיך במגמה החיובית והגיע עד לגמר טורניר אוסטון והפסיד לריאן סוויטינג המקומי. בברצלונה הגיע עד שמינית הגמר והפסיד לפליסיאנו לופס המקומי. באליפות צרפת הפתוחה הפסיד נישיקורי בסיבוב השני לסרגיי סטחובסקי. בעונת הדשא נישיקורי היה לא יציב כשהגיע עד לחצי הגמר של טורניר איסטבורן אך הפסיד בסיבוב הראשון בווימבלדון. בווינסטון סאלם עבר נישיקורי את המוקדמות והגיע עד שמינית הגמר שם הפסיד לחואן מונקו. באליפות ארצות הברית ספג נישיקורי אכזבה כשהפסיד בסיבוב הראשון לפלאביו צ'יפולה האיטלקי.
בקואלה למפור הגיע עד חצי הגמר והפסיד פעם נוספת לינקו טיפסרביץ'. במאסטרס שנחאי רשם הצלחה כשטיפס עד חצי הגמר והפסיד לאנדי מארי. נישיקורי המשיך במגמה המצוינת כשהגיע לגמר טורניר בזל בשווייץ עם ניצחונות סנסציונים על תומאש ברדיך ונובאק ג'וקוביץ' עד שהפסיד בגמר לרוג'ר פדרר. את השנה סיים נישיקורי במקום ה-24.
2012
2012 האירה פנים לנישיקורי. הוא רשם רבע גמר גראנד סלאם ראשון באליפות אוסטרליה והתקדם בעקבות זאת ל-20 הראשונים בעולם.
בעונת החימר הגיע לרבע גמר בבואנוס איירס, לשמינית גמר באקפולקו, לשמינית גמר גם במונטה קרלו ולרבע הגמר בברצלונה.
נישיקורי לא השתתף באליפות צרפת. ומשחקו הבא היה בווימבלדון כשהגיע לסיבוב השלישי והפסיד לחואן מרטין דל פוטרו. בניו פורט הפסיד ברבע הגמר לרז'ריב רם. באטלנטה הפסיד לבן ארצו גו סואדה. באולימפיאדת לונדון הפסיד רק ברבע הגמר לחואן מרטין דל פוטרו שגם זכה במדליית הארד. בסינסינטי הפסיד בשמינית הגמר לסטאן ואוורינקה. באליפות ארצות הברית הפסיד בסיבוב השלישי למרין צ'יליץ' הקרואטי. בקואלה לומפור הפסיד בחצי הגמר לחואן מונקו. לאחר מכן זכה נישיקורי בתואר יחידים שני בקריירה במולדתו יפן בעיר טוקיו עם ניצחון ברבע הגמר על תומאש ברדיך ובגמר על מילוש ראוניץ'. את השנה סיים נישיקורי במקום ה-19.
2013
נישיקורי פתח את השנה עם חצי גמר בבריסביין והפסיד לאנדי מארי הבריטי. באוסטרליה הגיע עד שמינית הגמר והפסיד לדויד פרר.
נישיקורי זכה בתואר שלישי בממפיס עם ניצחון בגמר על פליסיאנו לופס. בשמינית גמר מיאמי הפסיד נישיקורי לדויד פרר. בטורניר מדריד מסדרת המאסטרס 1000 הגיע נישיקורי עד רבע הגמר והפסיד לפבלו אנדוחר. באליפות צרפת הפתוחה הפסיד נישיקורי בשמינית הגמר לרפאל נדאל שזכה בטורניר. בווימבלדון הפסיד נישיקורי בסיבוב השלישי לאנדראס ספי. בוושינגטון הפסיד בשמינית הגמר למרכוס בגדאטיס. במונטריאול הגיע לסיבוב השלישי והפסיד לרישאר גאסקה המדורג 9.
2014
בספטמבר העפיל נישיקורי לגמר אליפות ארצות הברית הפתוחה לאחר שגבר בחצי הגמר על המדורג ראשון בעולם, נובאק דג'וקוביץ', והפך לטניסאי היפני הראשון שהעפיל לגמר טורניר גרנד סלאם. במשחק הגמר הוא הפסיד למרין צ'יליץ' בתוצאה 6:3, 6:3, 6:3.
2016
באולימפיאדת ריו דה ז'ניירו (2016), זכה נישיקורי במדליית ארד, לאחר שניצח את רפאל נדאל ב-3 מערכות (2-6, 7-6, 3-6). בשלב חצי הגמר הוא הודח על ידי אנדי מארי בשתי מערכות (6-1,6-4) שזכה במדליית הזהב.