בורגארד היה הגנרל הדרומי הבולט הראשון. הוא פיקד על ההתנגשות הראשונה במלחמה, בפורט סאמטר, ב-12 באפריל1861 - שם הוכנע המבצר, שהוחזק על ידי כוחות הצפון, בידי צבא הדרום שצר עליו. שלושה חודשים מאוחר יותר פיקד בורגארד על צבא הדרום שניצח בקרב בול ראן הראשון, ליד מנאסאס, וירג'יניה.
בורגארד פיקד גם על צבאות בזירה המערבית. הוא היה סגנו של אלברט סידני ג'ונסטון בקרב שילה, ופיקד על צבא הדרום שהיה נצור בקורינת', מיסיסיפי (בורגארד הטעה את צבא הצפון, והצליח למלט את כל החיילים מתוך העיר ללא פגע). הישגו הגדול ביותר היה הצלת העיר פיטרסבורג, וירג'יניה, ב-1864, כאשר צבא הצפון, בפיקוד יוליסס גרנט, שהיה עדיף בהרבה בכוח אדם ובציוד, ניסה לכבשה ולנתק כך את בירת הדרום, ריצ'מונד. עם זאת, השפעתו של בורגארד על האסטרטגיה של מדינות הדרום נפגמה בשל יחסיו המקצועיים הגרועים עם נשיא הקונפדרציה, ג'פרסון דייוויס, ועם פקידים וקצינים בכירים בדרום.
בורגארד נישא ב-1841 למארי לורה וילר, ממשפחת בעלי מטעים בדרום. לזוג נולדו שלושה ילדים. מארי נפטרה ב-1850; עשר שנים לאחר מכן נישא בורגארד בשנית לקרולין דסלונד, גם היא מרקע דומה. בורגארד עסק מעט בפוליטיקה מקומית, והפסיד בשיעור זעום בבחירות לראשות עיריית ניו אורלינס ב-1858. הוא היה המהנדס הראשי בעיר, ועסק בתכנון מערכת הניקוז של ניו אורלינס, ובבניית בית המכס בעיר. לאחר מכן חזר לווסט פוינט, שם התקדם עד לתפקיד מפקד האקדמיה. בורגארד נכנס לתפקידו בינואר 1861, אך פרש ממנו לאחר חמישה ימים בלבד, כאשר פרשה לואיזיאנה מארצות הברית.
מלחמת האזרחים
בורגארד הצטרף לצבא הקונפדרציה כבריגדיר גנרל במרץ 1861, וב-21 ביולי הועלה לדרגת גנרל, החמישי משמונה בעלי דרגה זו בצבא הדרום. הוא המליץ להציב כוחות צבא חזקים בניו אורלינס, בשל חשיבותה האסטרטגית הנובעת מהיותה בפתח נהר המיסיסיפי, ואולם המלצתו נדחתה על ידי נשיא הקונפדרציה, ג'פרסון דייוויס. מכאן החל החיכוך בין השניים, חיכוך שהלך והעצים עם השנים.
תפקידו הראשון היה פיקוד על הכוחות בצ'ארלסטון, ממנה פיקד על היריות הראשונות במלחמה, שנורו על פורט סאמטר, שהוחזק בידי צבא הצפון. איש לא נהרג בירי זה. בורגארד וגנרל ג'וזף א' ג'ונסטון מווירג'יניה הובילו את צבא הקונפדרציה לניצחון בקרב הגדול הראשון במלחמה, קרב בול ראן הראשון, בו ניצחו את מייג'ור גנרלאירווין מקדוואל, מפקד צבא הצפון, שהיה בן כיתתו של בורגארד בווסט פוינט. במהלך הקרב השתמש בורגארד בתותחי דמה כדי להטעות את האויב, טכניקה שהפעיל גם בהמשך המלחמה.
לאחר הקרב המליץ בורגארד לעבור לשימוש בדגל הקרב של הקונפדרציה, כדי למנוע בלבול: בעת הקרב העריכו המפקדים הבכירים היכן נמצאים כוחותיהם לפי הדגלים שהניפו, והסתבר שהדגל של חיילי הקונפדרציה דומה מדי לדגל של צבא הצפון. יחד עם ג'ונסטון עסק ביצירת הדגל החדש והכנסתו לשימוש, וכך נוצר אחד הסמלים הפופולריים ביותר של הקונפדרציה.
בורגארד הועבר לטנסי, כסגנו של אלברט סידני ג'ונסטון, ולאחר שהאחרון נהרג בקרב שילה, ב-6 באפריל1862, נטל בורגארד את הפיקוד על כוחות הדרום בקרב. בורגארד הואשם בכך שהפסיק את התקפת הדרום מוקדם מדי, מכיוון שהניח שצבא הצפון הובס. למחרת נסוג מול התקפת הנגד של צבא הצפון, בפיקוד מייג'ור גנרל יוליסס ס. גרנט, שתוגבר בשעות הלילה. מאוחר יותר, בורגארד נסוג גם מבסיס האספקה שלו בקורינת', מיסיסיפי, בלחצם של כוחות צבא הצפון, בפיקוד מייג'ור גנרל הנרי האלק.
בורגארד הצליח לחלץ את חייליו לאחר שהטעה את כוחות הצפון וגרם להם לחשוב שכוחו גדול בהרבה. הוא נסוג בגלל כוחם העדיף של צבאות הצפון, וגם מכיוון שרבים מחייליו מתו כתוצאה מזיהום המים בקורינת': מספר המתים מן הזיהום היה כמעט כמספר ההרוגים בקרב שילה. החלטתו לנטוש את צומת המסילות החשוב של קורינת' ללא קרב נחשבה כהחלטה שנויה במחלוקת. לאחר נסיגה זו, נטל בורגארד חופשת מחלה ללא אישור מראש ובתגובה שוחרר מהפיקוד ובמקומו מונה גנרל ברקסטון בראג מאלבמה, ב-17 ביוני 1862.
בורגארד קיבל עליו את הפיקוד על הגנת חופי ג'ורג'יה ודרום קרולינה. הוא הגן על העיר צ'ארלסטון, עיר נמל ומסחר חשובה בדרום קרולינה, בהצלחה במשך שנתיים, מ-1862 עד 1864. העיר הייתה מרכז לספינות הדרום שניסו להבקיע את ההסגר הימי שהטיל הצפון, ולכן חשיבותה לשני הצדדים הייתה רבה. ב-1864 סייע לרוברט א' לי בהגנת ריצ'מונד, וכחלק מקרבות אלה הביס כוחות גדולים בהרבה משלו, גם בעזרת הימור נכון על כוונות מפקדי הצפון.
לקראת סוף המלחמה הוא מונה למפקד כלל כוחות הקונפדרציה במערב, אך הכוחות שעמדו לרשותו היו קטנים, והועסקו בחזיתות שונות; לא היה בהם די כדי לבלום את צבאו של שרמן במסעו מאטלנטה אל האוקיינוס האטלנטי, מסע שנקרא "הצעדה אל הים" (The March to the Sea). בורגארד והגנרל ג'וזף א' ג'ונסטון נכנעו לשרמן באפריל 1865.
בורגארד כתב ופרסם מספר ספרים ומאמרים בנושאים צבאיים, במהלך ולאחר המלחמה. חלקם עוסקים בנושאים צבאיים כלליים, וחלקם מנתחים מערכות במלחמת האזרחים עצמה, שבהן השתתף בורגארד. בורגארד ודייוויס פרסמו סדרה של מאמרים שבהם התנגחו זה בזה והאשימו איש את רעהו בתבוסת הדרום.
הוא דחה הצעות להתמנות כמפקד הצבא ברומניה (1866) ובמצרים (1869). הוא ניהל חברות רכבת, עבד כמהנדס יועץ בדרום ארצות הברית ושימש כנשיא חברת הרכבות של ניו אורלינס וקרולטון, בשנים 1866–1876. הוא גם המציא סוג של רכבת קלה שהונעה בעזרת כבלים.
בורגארד שירת בממשל לואיזיאנה, ראשית כשליש ראשי של המיליציה של לואיזיאנה (שהפכה ברבות הימים למשמר הלאומי), ולאחר מכן, בהצלחה פחותה, כמנהל מפעל ההגרלות של לואיזיאנה, מעין מפעל הפיס, שהיה אמור להיות מפעל ההימורים החוקיים היחיד במדינה, אך הואשם ברמאות ושוחד. בורגארד עצמו לא הואשם בחוסר יושר, ונחשב אדם אמין, אך הוא לא הצליח למנוע את השחיתות. ב-1888 נבחר בורגארד כנציב העבודות הציבוריות בניו אורלינס.
