פרנץ יגרשטטר נולד בעיירה קטנה הסמוכה לערים זלצבורג ובראונאו אם אין באוסטריה, כבן מחוץ לנישואים של רוזליה הובר ופרנץ באכמייר. תחילה חי אצל סבתו מצד האם, אליזבת הובר. אביו נהרג במלחמת העולם הראשונה כשהיה ילד ואמו נישאה בשנית להינרייך יגרשטטר, שאת שם משפחתו אימץ פרנץ. בשנת 1933, כשהיה בן 26, נולדה לו בת מחוץ לנישואין, הילגרד אוור שמה. בשנת 1936 הוא נישא לפרנציסקה שוואניגר, נערה מכפר סמוך ואת ירח הדבש הזוג בילה ברומא, שם חווה פרנץ, שהיה קתולי מלידה, התעוררות דתית. אחרי חזרתו החל לעבוד בכנסייה הקתולית המקומית.
בשנת 1938, כאשר הגרמנים נכנסו לאוסטריה, היה יגרשטטר האדם היחיד בכפרו שהצביע נגד סיפוח אוסטריה לגרמניה. אף שלא היה מעורב בשום תנועה פוליטית, הוא התנגד גלויות לנאצים והכריז שלא ילחם במלחמה, זאת למרות אימון צבאי קצר שעבר. לאחר מספר דחיות, נקרא בפברואר 1943 לשירות פעיל בצבא הגרמני. באותו זמן כבר היה אב לשלוש בנות, הגדולה בהן בת שש. ב-1 במרץ התייצב במשרד הגיוס והצהיר שאינו מוכן להילחם מטעמי מצפון, אולם הסכים לבצע כל משימה בלתי-מלחמתית. הוא נענה בשלילה ונכלא, ראשית בלינץ, ואחר כך בברלין. ב-6 ביולי הועמד למשפט צבאי באשמת פגיעה במאמץ המלחמתי. הוא הורשע, נגזר עליו עונש מוות, והוא הוצא להורג בגיליוטינה ב-9 באוגוסט 1943, בגיל 36.
מעמד כמבורך
ביוני 2007, אישר האפיפיור בנדיקטוס השישה עשר לוועדה לענייני קדושים לפרסם צו המכריז על יגרשטטר כמרטיר, ובכך הסתיים תהליך הבירוך (מעמד של קדושה הנמוך בדרגה אחת מקדוש) שלו בכנסייה הקתולית. טקס הבירוך נערך ב-26 באוקטובר 2007 בלינץ. בטקס נכחה אלמנתו בת ה-94, פרנציסקה, וארבע בנותיו.
