מוצאו ממשפחת הוגנוטים שנמלטו מצרפת בימי מלחמות הדת במאה ה-16 והשתקעו באנגליה. הוריו עקרו מלונדון לאירלנד, שם נולד. אביו, דניאל אוגוסטוס בופורט (1738–1821), היה איש כמורה אנגליקני, גאוגרף ואדריכל חובב, ממייסדי האקדמיה המלכותית האירית (אנ'). פרנסיס בופורט התחיל את דרכו בים בגיל 14 כמתלמד בספינת סוחר של חברת הודו המזרחית הבריטית ובתוך שנה הועבר לספינת הצי המלכותי. את השכלתו הכללית והמקצועית רכש כפרח קצונה. עד מהרה עלה בסולם הדרגות, ובתקופת המלחמות הנפוליאוניות הגיע לדרגת קומנדר. ב-1800 נפצע קשה בקרב סמוך לחופי מאלגה. בתקופת החלמתו סייע בבניית קו סֶמַפֿור בין דבלין לגלוויי שבאירלנד. אחרי שובו לשירות פעיל בצי עסק בעיקר במדידות אסטרונומיות לקביעת קווי רוחב ואורך ובמיפוי חופים. ב-1806 השלים את הגרסה הראשונה של מדרג עוצמת הרוחות הנקרא על שמו – "סולם בופורט", ובשנים הבאות שיכלל את ההגדרות וכן יצר סימנים מוסכמים לדיווח מטאורולוגי שרובם משמשים עד היום[2].
בתפקידו הראשון כרב חובל הפליג למזרח למשימות ליווי אוניות סוחר. ב-1807 הוטל עליו לערוך סקר הידרוגרפי בשפך הריו דה לה פלטה באמריקה הדרומית. בהישגיו במטלה זו קנה לעצמו שֵם ובשנים 1811–1812 הופקד על חקר ומיפוי של חופי דרום אנטוליה. במהלך פעילותו נפגע בהיתקלות עם כוחות עות'מאניים סמוך לאדנה, ובשל נכותו נאלץ לפרוש משירות פעיל בים. בשנים הבאות התמקד בעיבוד רשימותיו וביצירת מפות ימיות. ב-1817 פרסם את ספרו "קאראמאניה – תיאור קצר של חופיה הדרומיים של אסיה הקטנה ושרידי עתיקותיה".[3] הספר כלל מידע על אתרי עתיקות שבהם ביקר וכן תרשימים שלהם.
ב-1829 נבחר כעמית בחברה האסטרונומית המלכותית (אנ'). באותה שנה, והוא בן 55, מונה לתפקיד ההידרוגרף הראשי של הצי המלכותי (אנ') וכיהן בו במשך 26 שנים. בתקופת כהונתו נעשה מאגר המפות של האדמירליות למרכז מדידות ומיפוי פורה. בפרישׁתו מנה קטלוג המפות קרוב ל-2,000 מפות שמהן נדפסו כ-130,000 עותקים (מחציתם סופקו לצי הבריטי ומחציתם נמכרו). עם כניסתו לתפקיד החלה הפקת ספרי ניווט תקינים. בופורט קידם את הפיתוח והפרסום (החל מ-1833) של לוחות הגאות והשפל בחופי האיים הבריטיים, שהיו תוצאות מחקריו של ידידו ויליאם יוּאֶל. בדחיפתו החלה ב-1834 הפצה של דפי מידע ליורדי הים (Notices to Mariners) מטעם האדמירליות הבריטית. במסגרת תפקידו פיקח על מצפי הכוכבים בגריניץ' ובכף התקווה הטובה והעניק תמיכה נלהבת לידידו ג'ורג' בידל איירי שמוּנה ב-1834 לאסטרונום המלכותי.
בשנים 1848–1856 עמד בופורט בראש המועצה לתיאום החיפושים אחרי המשלחת של ג'ון פרנקלין שאבדה בהפלגתה לאיתור המעבר הצפון-מערבי בארכיפלג הארקטי הקנדי.
בופורט פרש משירות בצי באוקטובר 1846 בגיל 72. שנתיים לאחר מכן הוענקה לו דרגת אביר במסדר האמבט (KCB). הוא מת בלונדון בגיל 83 ונקבר בגן כנסיית סנט ג'ון ברובע האקני של לונדון.[5]
^הידרוגרפיה היא ענף מדעי יישומי העוסק במדידה ובתיאור של התכונות הפיזיות של אוקיינוסים, ימים, חופים, אגמים ונהרות; מטרת ההידרוגרפיה היא לסייע לניווט הימי ולפעילויות ימיות אחרות, בהן התפתחות כלכלית, בטיחות, מחקר מדעי והגנת הסביבה
^Karamania, or a Brief description of the south coast of Asia-Minor and of the remains of antiquity. With plans, views, & collected during a survey of that coast, under the orders of the Lords commissioners of the Admiralty, in the years 1811-1812, London: R. Hunter, 1817
^בופורט נמנה עם מייסדי החברה הגאוגרפית הבריטית ב-1830
