בעונתו הראשונה של פרננדיניו בשחטאר דונצק שיחק 34 משחקים בכל המסגרות, והבקיע 3 שערים. בסיום אותה עונה, עונת 2005/2006 סיימה שחטר במקום הראשון עם אותו מספר נקודות יחד עם דינמו קייב - 75 נקודות. בעקבות כך נערך משחק האליפות, בו פתח פרננדיניו בהרכב וסייע לשחטאר לנצח 1–2 את דינמו קייב ולזכות בתואר האליפות. בעונת 2006/2007 הפך פרננדיניו לשחק הרכב כאשר הופיע ב-40 משחקים וכבש 4 שערים בכל המסגרות. באותה עונה סיימה שחטאר כסגנית ליגת העל האוקראינית, סגנית הגביע האוקראיני וסגנית הסופר קאפ האוקראיני, כאשר בכל הטורנירים שנייה רק לדינמו קייב.
בעונת 2007/2008 הופיע פרננדיניו ב-41 משחקים והבקיע 12 שערים בכל המסגרות, כאשר היה שחקן מפתח בהרכב שחטאר. באותה עונה פספס פרננדיניו משחק ליגה אחד בלבד. במשחק הסופר קאפ האוקראיני הפסידה שחטאר פעם נוספת לדינמו קייב, כאשר לאחר 120 דקות המשחק נותר בתוצאת שוויון 2-2, עברו לבעיטות הכרעה. פרננדיניו החטיא פנדל ודינמו ניצחון 2–4. בסיום העונה נבחר פרננדיניו לשחקן העונה בליגה האוקראינית ולשחקן העונה של שחטאר דונצק.
פרננדיניו במדי שחטאר דונצק בשנת 2010
בעונת 2008/2009, ב-9 בדצמבר2008, במסגרת שלב הבתים של ליגת האלופות, כבש פרננדיניו את השער השלישי של שחטאר בניצחון קבוצתו 2–3 את ברצלונה בקאמפ נואו. ב-26 בפברואר2009 כבש פרננדיניו את שער השוויון בגומלין של 32 האחרונות בגביע אופ"א, נגד טוטנהאם הוטספר, במשחק שהסתיים בתיקו 1-1, כאשר לבסוף עלתה שחטאר לאחר 1–3 לטובתה בסיכום שני המשחקים.[1] ב-7 במרץ הבקיע פרננדיניו את השער היחיד בניצחון שחטאר 0–1 את דניפרו דניפרופטרובסק.[2] ב-16 באפריל כבש בניצחון 1–2 על מרסיי בגומלין רבע גמר גביע אופ"א, כאשר שחטאר עלתה לחצי לאחר 1–4 בסיכום שני המשחקים.[3] בנוסף הוא גם הבקיע את שער השוויון במשחק הראשון של חצי גמר גביע אופ"א, נגד דינמו קייב, שהסתיים בתיקו 1-1.[4] בסוף עלתה שחטאר לגמר גביע אופ"א לאחר ניצחון 1–2 על דינמו קייב במשחק הגומלין, שנערך בדונבס ארנה.[5][6]
במשחק הגמר, ניצחה שחטאר 1–2 את ורדר ברמן מגרמניה, לאחר הארכה, כאשר פרננדיניו שיחק 120 דקות. זהו התואר האירופי הראשון של פרננדיניו.[7] בסך הכל באותה עונה שיחק פרננדיניו 41 משחקים בכל המסגרות וכבש 11 שערים.
בעונת 2009/2010 סייע פרננדיניו לשחטאר לזכות בליגת העל האוקראינית, כאשר שיחק 39 משחקים וכבש 8 שערים בכל העונה. בתחילת העונה שלאחר מכן, עונת 2010/2011, ב-10 בספטמבר2010, פרננדיניו שבר את רגלו במהלך הפסד הליגה 0–1 לאובולון קייב, כאשר הפציעה הייתה צפויה להשבית אותו עד לסיום העונה.[8] למרות זאת, חזר פרננדיניו לשחק ב-1 באפריל2011, כ-7 חודשים לאחר שנפצע, כאשר פתח בהרכב בניצחון שחטאר 1–3 על איליצ'יבץ מריאופול.[9] כשבועיים לאחר חזרתו מהפציעה, כבש את שער הניצחון בדקה ה-94 נגד טאבריה סימפרופול, במשחק שהסתיים בתוצאה 2-1.[10] ב-25 במאי שיחק 90 דקות בניצחון 0–2 את דינמו קייב בגמר הגביע האוקראיני.[11] בסיום העונה זכתה שחטאר באליפות שנייה ברצף, כאשר פרננדיניו תרם 3 שערים ב-15 הופעות הליגה שלו באותה עונה.
פרננדיניו התחיל את עונת 2011/2012 כאשר כבש את שערה של שחטאר בהפסד 1–3 לדינמו קייב בסופר קאפ האוקראיני.[12] באותה עונה הבקיע 6 שערים ב-32 משחקים בכל המסגרות. בסיום העונה תם תוקף חוזהו של פרננדיניו בשחטאר, והשחקן חידש את חוזהו ל-5 עונות נוספות.[13]
עונת 2012/2013 החלה בניצחון 0–2 של שחטאר על יריבתה העירונית מטאלורג דונצק, במסגרת הסופר קאפ האוקראיני. במשחק זה בישל פרננדיניו את השער של שחטאר לדאגלס קוסטה.[14] ב-23 בספטמבר2012 כבש בניצחון 1–4 על דינמו קייב, בשלב 32 האחרונות של הגביע האוקראיני,[15] ואף נבחר לשחקן המצטיין של המשחק.[16] ב-23 באוקטובר כבש את השער השני של שחטאר בניצחון 1–2 את צ'לסי בשלב הבתים של ליגת האלופות.[17]
מנצ'סטר סיטי
ב-6 ביוני2013 הפך פרננדיניו לרכש הראשון של מנצ'סטר סיטי בחלון העברות קיץ 2013, שרכשה אותו תמורת סכום של 34 מיליון לירות שטרלינג. פרננדיניו חתם בקבוצת הפאר האנגלית ל-4 עונות.[18][19] בשחטאר לבש פרננדיניו את חולצה מספר 7, אך במנצ'סטר סיטי חולצה זו הייתה תפוסה על ידי ג'יימס מילנר, קשרה של סיטי. בעקבות זאת בחר פרננדיניו בחולצה מספר 25.
פרננדיניו ערך את הופעת הבכורה שלו בפרמייר ליג ב-19 באוגוסט2013, בניצחון ביתי 0–4 את ניוקאסל יונייטד.[20] פרננדיניו כבש לראשונה במדי מנצ'סטר סיטי בניצחון הביתי 3–6 את ארסנל, אשר במשחק זה פרננדיניו הבקיע צמד ונבחר לאיש המשחק.[21] ב-1 בינואר2014 כבש את שערו השלישי במדי מנצ'סטר סיטי, שהיה השער הראשון בניצחון 2–3 את סוונסי סיטי.[22] ב-2 בפברואר נפצע פרננדיניו בירך ונעדר שבועיים מהמגרשים.[23]
לאחר הגעתו של פפ גוארדיולה לסיטי, פרננדיניו תפס מקום קבע בהרכב של סיטי וקבע את מעמדו כאחד השחקנים החשובים בקבוצה, ואף בעונת 2019/2020 גוארדיולה החל לשחק עם פרננדיניו כבלם. ב-19 בינואר2018 פרננדיניו האריך את חוזהו במועדון עד 2020. בעונת 2017–2018 פרננדיניו זכה עם מנצ'סטר סיטי בפרמייר ליג ובגביע הליגה. בעונת 2018/2019 פרננדיניו היה אחד השחקנים המשמעותיים של מנצ'סטר סיטי שזכתה בטרבל מקומי: אליפות הפרמייר ליג, גביע ה-FA וגביע הליגה.
