בשנת 1976 נתפסו כ-3,000 דונם בפסגתו של ג'בל טוויל באמצעות צו תפיסה של אדמות לצרכים צבאיים[4]. הצו, בשלב הראשון, לא הפקיע את האדמות אלא סגר את השטח ואסר על תושבי אל בירה לבנות במקום[5]. ביולי 1981 התקבלה החלטת הממשלה על הקמת מרכז אזורי "פסגות" במקום, שבו ימוקמו משרדי המועצה האזורית מטה בנימין, כמו כן הוחלט על הקמת מגורים זמניים למספר משפחות, לרבות מבנים זמניים של מוסדות חינוך[6][7]. הקמת היישוב החלה באוגוסט 1981, בראש ההר הוצבו כמה קרוואנים ששימשו את המועצה האזורית, וסביבם הלך ונבנה היישוב[8]. המשפחות המקימות היו חברות בגרעין מישיבת כרם ביבנה ומשכונת בית וגן בירושלים.
לאחר שחמש המשפחות הראשונות עלו על הקרקע, הוגשה עתירה לבג"ץ על ידי פלסטינים שטענו לבעלות על האדמה, וכן נטען שמאז 1976 נאסרה על בעלי הקרקעות באזור בנייה מסיבה ביטחונית ומבנה משרדי המועצה אינו מבנה ביטחוני. בג"ץ הקפיא את המשך ההתיישבות במקום לחודשים[9]. עם זאת, בסופו של דבר הוסרה העתירה.[דרושה הבהרה]דורית ביניש, שהייתה אז מנהלת מחלקת הבג"צים בפרקליטות המדינה, ייצגה את רשויות המדינה בדיון בעתירה בבית המשפט העליון[10]. מבני הקבע הראשונים ביישוב הושלמו בשנת 1986[11].
בעקבות קרבתו של היישוב לרמאללה ואל בירה שהמצב הביטחוני בו ידע עליות ומורדות במהלך השנים, כבר מהשנים הראשונות היו היחסים בין תושבי פסגות לערביי הסביבה מתוחים. דרך הגישה ליישוב עברה בלב אל-בירה ורמאללה (כביש 60 הישן) והשלכת אבנים על כלי רכב בדרכם ליישוב הייתה עניין שבשגרה[13]. עם פרוץ האינתיפאדה הראשונה בשנת 1987 באה החמרה בהשלכות אבנים ואף לירי[14]. במרץ 1988, נשרף אוטובוס להסעת תלמידים של היישוב מבקבוק תבערה שהושלך עליו[15].
עם פינוי כוחות צה"ל מרמאללה ומסירת העיר לרשות הפלסטינית ב־1996 נסלל כביש עוקף רמאללה מהיישוב לכיוון כוכב יעקב. כשפרצה האינתיפאדה השנייה בשנת 2000, סבל היישוב מירי מכיוון רמאללה. בתים רבים ניזוקו מקליעים שחדרו לתוכם, אך לא היו נפגעים בנפש[16]. מצב זה נמשך כשנה וחצי, עד שכוחות צה"ל, במסגרת מבצע חומת מגן, פעלו בשכונות רמאללה הסמוכות לפסגות ואשר מהן נורתה האש, עצרו מבוקשים ותפסו אמצעי לחימה. בעקבות הפעילות פחתו משמעותית מקרי הירי מרמאללה.
ביישוב שכנו משרדי מועצה אזורית מטה בנימין החל מ-1983 ועד דצמבר 2020, כשהועברו לאזור התעשייה שער בנימין. בנוסף, שוכנים ביישוב המתנ"ס האזורי, ספרייה אזורית, בית הספר "צור ישראל" – תיכון אזורי בתוכנית "הילה", אולפנא תורנית אזורית "טל תחיה", בית ספר יסודי (המשרת את ילדי פסגות, מגרון וגבעת אסף) ומכון בני דוד פסגות, שהוא כולל ללימוד דיינות. ביישוב פועל סניף של תנועת הנוער בני עקיבא.
יקב פסגות הוקם ביישוב שנת 2003. כרמי היין של היקב נטועים על טרסות גיר בגובה 900 מטר מעל פני הים, סמוך ליישוב. בשנת 2008 עברו משרדי היקב למגרון[21], ובשנת 2020 עבר לאזור התעשייה שער בנימין הסמוך.
_%D7%91%D7%A4%D7%A1%D7%92%D7%95%D7%AA.jpg)
