במחצית הראשונה של המאה ה-12 נבנתה העיר מחדש בהנחייתו של קונראד הראשון, ארכיבישוףזלצבורג ובהמשך הוקם גשר מעל הנהר דראווה.[2] העיר עמדה בקו החזית מול האימפריה העות'מאנית ומשלהי המאה ה-17 ועד מחצית המאה ה-18 נגרמו בה נזקים כבדים שהובילו להדלדלות האוכלוסייה שבה. הרוב המוחלט של האוכלוסייה בעיר היה ממוצא גרמני.
התיעוד הראשון בכתובים לנוכחות יהודים בעיר הוא מראשית המאה ה-12 ובו מצוין יהודי בשם דוד בן משה. ככל הנראה קהילה ממוסדת נוסדה בשלהי המאה ה-12 או בראשית המאה ה-13.[3] קיים תיעוד בארכיוני העיר מ-1286 העוסק במכירת נדל"ן למשפחה יהודית. במועד זה ככל הנראה כבר פעל בית עלמין יהודי. אותרו מספר מצבות עתיקות של יהודים שהקדומה מהן של אשר דוד בר משה תוארכה ל-1303. מספר מצבות נוספות שהתגלו במהלך חפירות לחיזוק יסודות של מבנים בעיר העתיקה תוארכו מהמאה ה-14 ועד למאה ה-15.[2][4]
מסמכים נוספים שנמצאו בארכיוני העיר מעידים על כך שבעיר כיהן שופט לענייני יהודים שעסק בסוגיות כלכליות כגון גביית מיסים, מתן הלוואות בריבית ומסחר, המעידות על החיים הכלכליים של בני הקהילה. ב-1333 היה השופט לענייני יהודים ממוצא יהודי. באמצע המאה ה-14 מתואר בתוכניות העיר "רחוב היהודים" ובהמשך גם גטו בו התגוררה הקהילה ובו פעל בית הכנסת הקהילתי ובית מדרש. עד למחצית המאה ה-14 נודעו קרובי משפחתו של הרב ישראל איסרלן כבנקאים ומלווים בריבית בשטיריה ומרכז פעילותם היה בפטוי.[5] במהלך המאה ה-15 עסקו יהודי הקהילה בייבוא סחורות מהרפובליקה של ונציה. ב-1441 נסגר בית הכנסת והוסב לכנסייה. ב-1446 גורשו יהודי פטוי על ידי אלברכט השישי, ארכידוכס אוסטריה וככל הנראה התיישבו בבורגנלנד.[5] בהמשך, נעשה שימוש משני במצבות מבית העלמין היהודי לבניין כנסייה בעיר העתיקה.
ב-1786 נסגרה הכנסייה שפעלה במבנה בית הכנסת הקדום, הוא הוסב למגורים וב-2016 פעל בו משרד אדריכלים. בתקופה האוסטרו-הונגרית שבו יהודים להתגורר בפטוי, אך לא התקיימה פעילות קהילתית. בהמשך, ב-1921 התגוררו בעיר 27 יהודים וב-1931 נמנו בפטוי 24 יהודים.[2][3]