פרופר נולד בברן שבשווייץ בשנת 1892 להורים ציוניים. אימו השתתפה בקונגרסים הציוניים וכתבה על חשיבות כינוס עם ישראל בארצו ההיסטורית. עמנואל למד רפואה והתמחה ברפואה פנימית וב קרדיולוגיה, ב-ציריך, קיימברידג', לונדון, ובמכון ע"ש לואי פסטר בפריז.
ארבעת אחיו עלו לארץ ישראל כבר בשנות ה-20 של המאה הקודמת. פרופר עלה בשנת 1925.
פרופר התחתן עם השווייצרית יוהנה, ילידת כפר סמוך לאינטרלאקן. הזוג התגורר ברחוב הנביאים 62 בירושלים[2]. הזוג לא הצליח להביא ילדים לעולם. הם אימצו את ברברה. ב-15 במאי 1952 עולים חגי אבריאל, ברברה פרופר, דניאל הלל ועוד עשרה מחבריהם על הקרקע ומקימים את שדה בוקר. בסוף ספטמבר 1952 נרצחה ברברה על ידי קבוצת מסתננים בדואים, בגיל 22.[3][4]. על שמה נחל הרועה, ו"חניון הרועה", בכניסה לשדה בוקר.[5][6].
החל משנת 1935 ניהל ד"ר פרופר את בית החולים "משגב לדך" בעיר עתיקה בירושלים. בית חולים זה פעל במבנה שהוקם על ידי משפחת רוטשילד במחצית המאה ה-19 ושעבר לידי ועד העדה הספרדית.
עמנואל היה פעיל ב"רוטרי" ואף כהן בתפקיד הנשיא הגדול של ארגון "הבונים החופשיים" - "הלשכה הגדולה של פלשתינה" שנוסדה בשנת 1932.
