סאות'אנד נוסדה ב-19 במאי1906 ומעולם לא השתתפה בליגה הבכירה. עם הקמתה שיחקה הקבוצה בליגה הדרומית עד שנת 1920, בסיומה העפילה לליגה השלישית אך כבר כעבור שנתיים נשרה לליגה הרביעית.
סאות'אנד המשיכה לשחק בליגה הרביעית עד שנת 1958, בסיומה העפילה הקבוצה לליגה השלישית.
בשנות השבעים והשמונים התנדנדה הקבוצה בין הליגה השלישית והרביעית.
בסיום עונת 1991/1990 העפילה הקבוצה לראשונה בתולדותיה לליגת המשנה. עלייה זאת באה אחרי ששנה קודם לכן העפילה הקבוצה מהליגה הרביעית לליגה השלישית. בכך רשמה הקבוצה עלייה של שתי ליגות בשנתיים.
בעונת 1992/1991 סיימה סאות'אנד במקום ה-12 בליגת המשנה, המקום הגבוה ביותר בתולדותיה. הקבוצה המשיכה לשחק בליגת המשנה עד עונת 1997/1996, בסיומה ירדה הקבוצה לליגה השלישית. שנה מאוחר יותר נשרה הקבוצה לליגה הרביעית.
סאות'אנד שיחקה בליגה הרביעית במשך שבע שנים ובסיום עונת 2005/2004 שבה לליגה השלישית, לאחר שניצחה בגמר הפלייאוף על העלייה לליגה השלישית את לינקולן סיטי בתוצאה 0–2. שנה מאוחר יותר סיימה ראשונה בליגה השלישית, רשמה עלייה של שתי ליגות בשנתיים ובכך שבה לליגה השנייה לאחר תשע שנות היעדרות, אך שנה מאוחר יותר נשרה שוב לליגה השלישית ומאז לא שבה יותר לליגת המשנה.
בעונת 2011/2010 נשרה הקבוצה פעם נוספת לליגה הרביעית. בסיום עונת 2015/2014 חזרה הקבוצה לליגה השלישית בה שיחקה עד עונת 2020/2019, בסיומה נשרה הקבוצה שוב לליגה הרביעית. בסיום עונת 2020/2021 השלימה הקבוצה ירידת ליגה נוספת וירדה לליגה החמישית.
