ניקולו קוטונר (בספרדית: Nicolau Cotoner i d'Olesa; 1608–1680) היה חשמן והגראנד מאסטר ה-61 של המסדר של מלטה בין 1663 ל-1680. אביו היה מארק אנטוני קוטונר דה סאנטמארטי ואחיו היה הגראנד מאסטר הקודם, רפאל קוטונר.
בשנת 1669, לאחר שהסכם שלום שנחתם בין ונציה והאימפריה העות'מאנית בעקבות הכיבוש מחדש של ממלכת קנדיה, ניקולא קוטונר שיפר את ביצורי מלטה ומימן את בנייתו של אחד המבצרים שנועדו לארח את התושבים במקרה של פלישה. המבצר נקרא קוטונרה.
כאסטרטג ודיפלומט, הוא חיזק מאוד את יוקרתו של המסדר, בעיקר בצרפת, ונציה ואנגליה. בשנת 1674 הוא מימן במלטה את בית הספר לאנטומיה ורפואה כנספח ל-Sacra Infermeria, וכן כתב (באיטלקית) את החוקה של המסדר.
ניקולא קוטונר המשיך במלאכת השיפוץ של קתדרלת יוחנן הקדוש שהחלה על ידי אחיו, רפאל, והרבה מפאר הקתדרלה חודש בתקופת שלטונו, כולל העיטור של הקמרון שצויר על ידי "האביר הקלברי" מתיה פרטי כמו גם רוב הגילופים ועיטורי הזהב של מרבית הקירות.
קוטונר נקבר בקפלה של אראגון. יורשו בתפקיד היה האח גריגוריו קאראפה (Gregorio Carafa).
אנדרטת הקבר של הגראנד מאסטר, ממוקמת בצורה בולטת לימין המזבח הראשי ב-chapel of the langue of Aragon בקתדרלת יוחנן הקדוש. היא נבנתה על ידי דומניקו גואידי ב-1686 והיא נחשבת לאחד המונומנטים החשובים והיפים ביותר בקתדרלה.