נולד בברוקלין ב-1937. אביו הרב ד"ר יחזקאל שרגא כהנא היה יליד צפת (נכדו של הרב ברוך דוד כהנא, בעל "ברכת הארץ"), רב בכמה קהילות בפלטבוש ונשיא ועד הרבנים האזורי, מחבר הספרים "תורה ישרה" ו"משנה ישרה". אמו שרה סוניה הייתה ילידת לטביה[1], בתו של הרב ברוך שלום טריינין (תלמיד הרב מאיר שמחה כהן ורב בפליינפילד). אחיו הגדול היה הרב מאיר כהנא. למד בישיבת נובהרדוק, ובה נסמך לרבנות. עלה לישראל בשנות ה-60[2].
חיבורו היעקרי של הרב כהנא הוא סדרת מי מנוחות: ביאור שיטתי לדברי התוספות על התלמוד בבלי בלשון קלה. הסדרה כוללת 15 כרכים, ויצאה בין השנים 1972 ל-1991. חלקה תורגם לאנגלית.
בית הכנסת חזון יחזקאל, שהקים הרב כהנא וקרוי על שם אביו, נמצא ברובע המוסלמי בעיר העתיקה. המבנה שבו שוכן בית הכנסת נקרא "בית הג'ורג'ים", וקודם לכן שכן בו בית כנסת שניטש לאחר פרעות תרפ"ט.[4] בית הכנסת הוקם בכ"ג באלול ה'תשמ"ג הרב כהנא שילם פיצויים לערבים שגרו שם.[5]
בבית הכנסת קהילה קטנה המורכבת מעולים חדשים, בעיקר מארצות הברית.[5] בנוסף קבוצת אברכים לומדת בכולל במקום[6] והוא משמש כחדר שיעורים של ישיבת עטרת ירושלים.