נחל שגור המנקז את הבקעה לנחל חלזון מזוהם בשנים האחרונות באופן רציף כתוצאה מהביוב הזורם מהכפרים דיר אל-אסד, בענה ומג'ד אל-כרום. משנת 1995 זורם הביוב אל השטח הפתוח ומשם מתנקז אל הנחל. זרימת הביוב הופכת את הנחל למפגע תברואתי. כמו כן היא מפגע סביבתי, משום שהביוב מחלחל לאדמה ומזהם את מי האקוויפר. נוסף על כך הזיהום מונע ממטיילים לטייל בקניון נחל שגור[1]