נופי נחמיה הוקם בחודש אלול ה'תשס"ב, אוגוסט 2002 על ידי 8 מתיישבים ובסיוע תושבי היישוב רחלים, אך פונה ויושב שנית במהלך שנת 2003. היישוב הוקם על שטחים שהוכרזו כאדמות מדינה.
ייסוד
הרעיון לקמת היישוב נולד כשנה-שנתיים לפני הקמתו. מצד אחד אנשי היישוב רחלים קיוו להמשיך את הרצף הטריטוריאלי בין גוש שילה–עלי לבין העיר אריאל והחלו להקים תשתיות במקום בו היישוב שוכן כעת. מצד שני, גרעין של כ-15 אנשים שהיו בני 19–21, רובם בוגרי התוכנית נעל"ה שלמדו בישיבת הסדר "ניר" קריית ארבע חלמו על הקמת יישוב ביהודה ושומרון. לאחר מפגש מקרי בין שני הצדדים, במהלכו אחד המקימים של רחלים, נתי ישראלי, סיפר על המקום, חברי הגרעין החליטו ללכת על ההקמה.
בפועל, רק שמונה אנשים עלו לקרקע – 3 משפחות ושני רווקים. שאר חברי הגרעין הראשוני לא יכלו להצטרף הן בשל סיבות אישיות, הן בשל העובדה שהובאו למקום ארבעה קראוונים בלבד ולא הייתה אפשרות להוסיף מקומות מגורים במקום בגלל אילוצים. התשתיות דאז הוקמו וסופקו על ידי גופי התיישבות. בשלב הראשון הוקם מגדל מים שמולא כל כמה ימים על ידי משאית, ממנו זרמו מים לקראוונים והובא גנרטור שבאמצעותו זרם חשמל למגורי התושבים. תושבי המקום קיבלו תמיכה רחבה מתושבי רחלים והמקום הוכרז כשכונה נוספת של היישוב רחלים – 'רחלים מערב'.
פינוי ויישוב מחדש
זמן קצר לאחר ההקמה, שר הביטחון דאז בנימין בן-אליעזר הביע רצון לפנות את נופי נחמיה ועוד כמה אתרים נוספים, בהם חוות גלעד וגבעת אסף. בסופו של דבר, לאחר משא ומתן של שר הביטחון עם נציגי המתיישבים היישוב פונה ובמקביל החל תהליך של סקירת אדמות בשטח שבין היישוב רחלים ליישוב נופי נחמיה, הוכרזו כ־1,300 דונם אדמות מדינה והמקום יושב מחדש. לאחר מכן הובאו לאתר שישה קראוונים נוספים ותוך זמן קצר משפחה נוספת קבעה את מגוריה בנופי נחמיה. כמו כן באוקטובר 2002 אישר שר הביטחון בן-אליעזר את המשך הליכי התכנון ביישוב.
עד שנת 2005 היישוב צבר תאוצה והתנתק מיישוב האם – רחלים. הוקמה מזכירות ולצידה ועדות, הועסק מזכיר ורכזת קהילה. מדי קיץ נקלטו כמה משפחות חדשות, התגבשה קהילה והווי יישובי. באוגוסט 2004 היישוב הוכר כיישוב ה-33 במועצה אזורית שומרון ואחד מחברי היישוב התמנה למשקיף במליאה. במהלך שנת 2005 עם החלטת ממשלת שרון השנייה ובגיבוי דו"ח טליה ששון לפרק את היישובים שהוקמו אחרי מרץ 2001, חלה האטה בהתפתחות היישוב. הקליטה הואטה והיכולת לבנות בתי קבע ביישוב הייתה בלתי אפשרית לאור אכיפה של המנהל האזרחי בגיבוי הממשלה. בשנים 2006–2007 עם הקמת ממשלת אולמרט ריחפה סכנת פינוי של ממש על היישוב ואע"פ בשנת 2009 מנה היישוב 30 משפחות. בינתיים בהיעדר בנייה, הורחבו הקראוונים על מנת לאפשר למשפחות עם מספר ילדים להמשיך ולגור ביישוב.
הסדרה
בדצמבר 2012 הכריז אלוף הפיקוד על רחלים כיישוב מן המניין[1] ובתוך גבולות הקו הכחול נכלל היישוב נופי נחמיה.
בפברואר 2020 חובר היישוב לרשת החשמל הארצית על ידי חברת החשמל בהוראת ראש הממשלה בנימין נתניהו ושר הביטחון נפתלי בנט[2].
ב-17 בינואר 2021, כשלב ראשון להסדרת היישוב, אישרה מועצת התכנון העליונה של המינהל האזרחי להפקדה את תב"ע היישוב רחלים, ובתוכה נופי נחמיה. במסגרת התב"ע אושרו לבנייה ביישוב 164 יחידות דיור.[3][4][5]
בינואר 2021 הושלמה הסדרת צומת נופי נחמיה והורחב כביש הגישה ליישוב בהוראת שר התחבורה בצלאל סמוטריץ[6][7]. בנוסף, בינואר 2021 החלה חברת "אפיקים" להפעיל קווי תחבורה ציבורית סדירים בין היישוב לעיר אריאל הסמוכה וליישובי הסביבה.
בפברואר 2023 אושרה תב"ע היישוב כחלק משכונה בתוך תוכנית מתאר יוש / 171[8].
בסיוע משרד השיכון נסלל כביש ליישוב, הוקם מגדל מים וסודרה תאורה היקפית.
ביישוב מעון יום לתינוקות, גני ילדים, גני שעשועים, ספרייה, מועדון, בית כנסת, מגרש כדורגל, מקווה טהרה וכן טיילת ובה פרגולה ומרפסת עץ. וסניף של תנועת הנוער בני עקיבא.