העיר נבנתה סביב טירת פניב. הטירה הוקמה כנראה בחצי השני של המאה ה-16. האזכור הראשון של העיר מתייחס ל-1589. ב-1591 העיר קיבלה את זכויות מגדבורג. ב-1648 הצטרפו תושבי העיר למרד של בוגדן חמלניצקי כנגד פולנים, וחיילים מנדבורנה הצטרפו אל מסעו של חמלניצקי ללבוב. במאה ה-17 הפכה העיר למרכז מסחרי חשוב, משום שדרכי מסחר מהונגריה למרכז אוקראינה עברו במקום.
העיר התפרסמה בשל אחת השושלות החסידיות המפורסמות שפעלה בה, חסידות נדבורנה. בין האדמו"רים הבולטים בשושלת זו היו רבי ישכר בער לייפר ובנו רבי מרדכי לייפר. כמו כן, פעל בעיר רבי צבי הירש מנדבורנה, מתלמידי המגיד ממזריטש. עם כיבוש העיר בידי הסובייטים בספטמבר 1939 נאסרה בה הפעילות הציבורית היהודית. בתקופה זו נרצחו בעיר מספר משפחות יהודיות בידי אנשי מחתרת אוקראינית.
ב-1 ביולי 1941 נכבשה העיר בידי ההונגרים, ובפוגרום שערכו אוקראינים ביהודי העיר בהמשך החודש, נרצחו כמה עשרות יהודים. כעבור זמן מה הועברו לעיר כ-1,000 יהודים שגורשו מהונגריה.
עם העברת העיר לשליטה גרמנית בספטמבר 1941, גויסו יהודיה לעבודות כפייה וחויבו בענידת סרט זרוע. מעת לעת המשיכו האוקראינים המקומיים במעשי רצח ביהודי העיר.
ב-6 באוקטובר 1941 נערכה בעיר אקציה גדולה, בה נרצחו כ-2,000 יהודים, רובם נשים, ילדים וזקנים, בבורות ירי ביער בוקובינקה הסמוך.
כ-3,600 היהודים שנותרו בעיר לאחר האקציה רוכזו ב-20 באפריל 1942 בשני גטאות שהוקמו בה. בגטו שיועד לבלתי כשירים לעבודה מתו רבים מרעב וממחלות, ואחרים הוצאו להורג כשאושפזו בבית החולים המקומי.
במאי וביוני 1942 הועברו לגטאות בעיר יהודים נוספים מהסביבה, ועל יושביהם הוטלו תשלומי כופר. יהודים שניסו להימלט מהגטאות נתפסו ברובם, ונרצחו בידי איכרים מקומיים או שהוסגרו לגרמנים. בספטמבר 1942 שולחו מהעיר כמה מאות יהודים לסטניסלבוב, ושם נרצחו.
ב-24 באוקטובר 1942 חוסלו הגטאות בעיר, תוך רצח חלק מיושביהם במקום, ושילוח היתר לאתרי ההרג בסטניסלבוב. כמה עשרות עובדי כפייה יהודים שהושארו בעיר נרצחו בנובמבר 1942.