נולד במקנס לאברהם בירדוגו. אמו הייתה אחותו של הרב חביב טולידנו, אב"ד מקנס, שאצלו הוא למד. הוא למד גם מפי הרב יוסף בהתית, מדייני העיר.[2] מסופר עליו שידע את ששת סדרי משנה בעל פה.[3]
בסביבות ה'תע"ה מונה לדיין. בשנת ה'תפ"ג, עם פטירת דודו רבי משה טולידנו שהיה אף הוא אב"ד במקנס, מונה לאב בית הדין במקנס.[4] בבית דינו ישבו הרבנים משה אדהאן,[5] אברהם חסין, חנניה בן זכרי ויהודה בירדוגו.[6] שימש גם כרב בית כנסת.[7] עמד בראשות הישיבה הגדולה במקנס והקדיש את מרבית זמנו ללימוד תורה לתלמידים בגילאים שונים.[8]
המשבי"ר לא התפרנס מהרבנות והדיינות, ולשם כך קיבל את חזקת השחיטה מאת הקהילה. בשל שאר עיסוקיו השכיר שוחט שישחט במקומו. לאחר זמן מה ערערו על כך כמה מהשוחטים, וכדי להימנע ממחלוקת הסכים לצמצום זכויותיו. גם הסכם זה לא האריך ימים. הרב יהודה בן עטר התייצב בעקבות כך לימינו וכתב לשבחו: ”כל שכן לרב מצויין בעיר העומד לשרתם ימים ולילות, שאילו היו באים לקבוע לו פרס על עבודתו ועל משאו יגדל חסדו על הקהל בתשלומי כפל ארבעה וחמישה, ומי הוא זה ואיזה הוא אשר שלח ידו במשיח ה' ונקה”[12].
לרב בירדוגו נולדו ארבע בנות ובן. בתו בליידא נישאה לבן דודו רבי מרדכי בירדוגו (המכונה "המרבי"ץ").[14] בת אחרת נישאה לרב יחיא אלכרייף.[15] בנו רבי יהודה מילא את מקום אביו כדיין. נפטר מספר שנים לאחר מות האב.
רבי יהודה בירדוגו - דיין במקנס ומחבר הספר "מים עמוקים" על התורה
ספריו
הרב בירדוגו סידר חלק מדרשותיו לדפוס אך הספר לא ראה אור.[16] לאחר פטירתו, ניסה בנו, רבי יהודה, להדפיס שוב את הכתבים אך עקב פטירתו המוקדמת הניסיון לא צלח.[17]
דברי משה - שו"ת. נדפס שוב בהוספות על ידי מכון אהבת שלום בשם 'תורת המשבי"ר'[18].
ראש משביר ב' חלקים - חלק א' על הש"ס וחלק ב' דרשות.
