מפעל הש"ס או בשמו המלא מפעל הש"ס הכללי בהיכלי התורה הוא מיזם שנוסד בשנת ה'תשל"ח על ידי האדמו"ר מצאנז, רבי יקותיאל יהודה הלברשטאם, אשר ראה בלימוד מקיף, ובקיאות בכל הש"ס, בסיס ללימוד נכון וראוי, והדגיש זאת בשיחותיו השונות.
במסגרת המיזם נבחנים מדי חודש על שבעים דפי גמרא, רש"י ותוספות, ובכל חודש רביעי נבחנים על שלושת החודשים הקודמים. יחידת הלימוד מורכבת משתי מסכתות שונות, וכשאחת מהן נחשבת לקשה מהרגיל השנייה היא קלה מהאחרות. כמו כן, בחודשי החגים, ניסן ותשרי, נבחר חומר לימודים קל במעט. בתחילה היה מיועד מסלול לימוד זה רק לתלמידים בכולל ש"ס - מסגרת לימודית שנועדה לחזק את מפעל הש"ס ולאפשר סיום ומבחן על כל הש"ס תוך שלוש שנים.
בעקבות מחזור הלימוד הראשון שבו התגלו תלמידים שלא עמדו בקצב, נוצרו עוד שני מסלולי לימוד, של עשרים דפים לחודש ושלושים דפים לחודש לפי סדר הש"ס. כמו כן, בשנת ה'תשמ"ג הורחבה הפעילות לערים שונות, ולא רק לחניכי כוללי הש"ס. עם הזמן נוספה גם תוכנית לימודית בהלכה הכוללת לימוד מסיבי של הטור ושו"ע ומפרשיו, ובה שני מסלולים: האחד אורח חיים ויורה דעה, ומסלול שני בו נבחנים על חושן משפט ואבן העזר, כאשר יחידת לימוד חודשית חופפת בכמותה בערך ליחידת לימוד של שלושים דף גמרא. בכל המסלולים, בכל חודש רביעי נבחנים על החומר הנלמד בשלושת החודשים שקדמו לו.
המבחנים בכל רמות הלימוד השונות כוללים תמיד עשרים וחמש שאלות וכל מי שעובר בהצטיינות (ציון של לפחות 70%) מקבל מלגה (המלגות כולן ממומנות מתרומות בלבד) המלגות הן חודשיות (לאברכים) או חצי שנתיות (לרווקים) וגובהן מותנה בציון ובמצב האישי של הנבחן.
הדרישות כיום על מנת להתקבל למפעל הש"ס עומדות על לימוד בישיבה ואישור של ראש הישיבה שהמועמד מתאים לעמוד במסגרת הלימודים. קבלת אברכים למפעל הש"ס אינה מצריכה אישור של ראש הכולל. מבחני מפעל הש"ס נערכים פעם בחודש (לרוב בראש חודש למעט מקרים של תאריכים בעלי משמעות מיוחדת בישיבות) במקומות הבאים בארץ ישראל: ירושלים, בני ברק, נתניה, אשדוד, עמנואל, חיפה, באר שבע, צפת, קריית ספר, חצור הגלילית ובית שמש. מלבד המבחן החודשי במסלול 70 דף הנערך בקריית צאנז נתניה בלבד.
כדי לשוות לו מעמד של ארגון כלל חרדי ולא פרטי של חסידות צאנז, הקים האדמו"ר ועדה של ראשי ישיבות מהשורה הראשונה, רובם מהמגזר הליטאי ומיעוטם מהמגזר החסידי, הנקראת "נשיאות מפעל הש"ס" בראשותו עומד היום בנו, האדמו"ר מצאנז הרב צבי אלימלך הלברשטאם. אחת לשנה מתכנסים הרבנים חברי הנשיאות לישיבה רשמית ופורמלית, הנערכת בכל שנה במעונו של חבר אחר מבין חברי הנשיאות, בה נישאים דברי ברכה ובה מוכרז החומר הנלמד במהלך השנה הבאה לפי סדר הקבוע וידוע מראש.