פיקארד בוחר להפר את הפקודות וחוזר עם ה"אנטרפרייז" לכדור הארץ, שם הוא לוקח פיקוד על כוחות הפדרציה הנותרים שנמצאו תחת מתקפת הבורג. אל ה"אנטרפרייז" משתגרים ניצולים מספינת החלל "דיפאיינט", בהם קומנדר וורף (מייקל דורן), שהצטרף לשורות תחנת החלל "חלל עמוק 9" לאחר אירועי הסרט הקודם. פיקארד וצוות ה"אנטרפרייז" מצליחים להשמיד את ספינת הבורג, אך לפני השמדתה הספינה משגרת גשושית, שעוברת דרך מנהרת זמן. פיקארד מגלה כי הבורג הצליחו "להטמיע" את כל תושבי כדור הארץ כתוצאה מהמעבר בזמן, ומחליט לרדוף אחר הגשושית דרך מנהרת הזמן מתוך תקווה שיוכל לעצור את הטמעת כדור הארץ בעבר.
כאשר שתי הספינות מגיעות לשנת 2063, הגשושית מתחילה לתקוף מתקן לשיגור טילים גרעיניים בצפון-מערב ארצות הברית. ה"אנטרפרייז" משמידה את הגשושית, אך ללא ידיעתם של חברי הצוות, מספר חיילי הבורג ומלכת הבורג (אליס קריגה) הצליחו להשתגר לתוך ה"אנטרפרייז". פיקארד מגלה שהבורג מתכוונים להשמיד את ה-"פניקס", ספינת החלל הראשונה בעלת הנעת על-חלל שהומצאה על ידי ד"ר זפרם קוקרן (ג'יימס קרומוול), ומשתגר יחד עם צוות נחיתה לכדור הארץ, שם הם מנסים לעזור לקוקרן כשהם מסבירים לו שהמצאתו תאפשר להם ליצור מגע ראשון עם גזע חייזרים (שמתברר בהמשך כוולקנים). פיקארד וד"ר קראשר (גייטס מק'פאדן) חוזרים ל"אנטרפרייז" עם לילי סלואן (אלפרה וודארד), שותפתו של קוקראן, שספגה הרעלת קרינה ממתקפת הבורג.
במשך זמן זה, הבורג שב"אנטרפרייז" מתחילים להטמיע אזורים נרחבים בספינה. פיקארד מוביל כוח תקיפה נגדם לאחר שחש בקיומם, ובמהלך ההתרחשות דאטה נשבה על ידם. פיקארד נתקל בלילי, ויחד הם נמלטים מהבורג, אך פיקארד בוחר להתעמת מולם בחדר ההולוגרמות ("הולודק"), ומביס כמה מהם. הוא מסיר שבב מאחד מהחיילים שהוטמעו שמגלה לו את תוכניתם של הבורג. בחזרה יחד עם הצוות, הם מגלים שהבורג מתקינים אנטנה מחוץ לגוף הספינה לצורך יצירת קשר עם הבורג שבתקופה הנוכחית. פיקארד ווורף עוטים חליפות חלל ויוצאים אל מחוץ ל"אנטרפרייז" כדי להשבית את פעולת האנטנה.
טיסת הניסיון של ה"פניקס" עוברת בהצלחה. לאור התקדמותם של הבורג בתוך ה"אנטרפרייז", וורף מציע להפעיל את מנגנון ההשמדה העצמית ולברוח. האווירה מתלהמת כאשר פיקארד קורא לו פחדן, וכי הוא לא מוכן לאבד את ספינתו לטובת הבורג. לילי טוענת בפניו כי שנאתו הרבה כלפי הבורג משפיעה על שיקוליו, ומשווה אותו לאחאב ממובי דיק (בעקבות משחקו בסרט זה זכה בהמשך סטיוארט לגלם את דמותו של אחאב במיני סדרה "מובי דיק"). הוא מסכים להשמיד את הספינה, אך אינו מצטרף לאחרים והולך להציל את דאטה. בינתיים, מלכת הבורג מנסה לשכנע את דאטה להצטרף לכוחותיה, וכשפיקארד מגיע הוא מבקש להישאר עם מלכת הבורג בתנאי שתשחרר את דאטה. אך המלכה אומרת שהיא כבר לא צריכה אותו כי דאטה לצידה, ומורה לדאטה לבטל את מנגנון ההשמדה העצמית ולירות על ה"פניקס" המרחפת בחלל. דאטה יורה שלושה טורפדות על הספינה, אך מפספס בכוונה, ומצליח להרוג את מלכת הבורג. מותה גורם ליתר הקולקטיב בספינה להפסיק לפעול.
לבסוף, לאחר טיסתה המוצלחת של ה"פניקס", ד"ר קוקרן מקבל שדר מספינת חלל שקלטה את חותם האנרגיה של ה"פניקס", ומקבל את פניהם של הוולקנים, הגזע הראשון שיוצר קשר ראשון עם בני האדם. צוות האנטרפרייז חוזר לזמן ההווה.
הסרט, שנעשה בתקציב של 45 מיליון דולר, הכניס מעל ל-92 מיליון דולר בארצות הברית ו-150 מיליון דולר ברחבי העולם, כשבסוף השבוע הראשון להקרנות הכניס סכום של 30 מיליון דולר.
