ממשלת מעבר פדרלית (בסומלית: Dowladda federaalka kumeelgaarka) הייתה הממשל המוכר על ידי מרבית מדינות העולם כממשלת רפובליקת סומליה בין השנים 2004 ל-2012. הממשלה נוסדה כאחת מן המוסדות הפדרליים הזמניים של הממשלה על בסיס כתב האמנה הפדרלי הזמני, שאושר בנובמבר 2004 על ידי הפרלמנט הפדרלי הזמני.
ממשלת המעבר הפדרלית נוהלה על ידי ראש הממשלה ותחת נשיא המדינה. הממשלה מנהלת את המדינה החל מ-2004 בשל המצב הביטחוני הרגיש במדינה, שמרבית האזורים בה נמצאים בשליטת כנופיות וארגוני טרור שמיוחסים להם קשרים עם ארגון הטרוראל-קאעידה.
הממשלה נאבקה בארגון הטרור א-שבאב, ומגובה על ידי כוחות האו"ם, האיחוד האפריקאי וארצות הברית, זאת בניסיון לשחרר את כל אזור דרום סומליה הנמצא בשליטתו המוחלטת של הארגון.
באוגוסט 2011 ממשלת המעבר הצליחה להשתלט על כל מוגדישו, לאחר קרבות קשים מול ארגוני הטרור והכנופיות השונות. בספרמבר 2012 כוננה מערכת ממשל חדשה המבוססת על משטר נשיאותי למחצה ונבחר נשיא חדש, חסן שייח מחמוד.
ההכרה הבינלאומית
הנציגויות הדיפלומטיות של סומליה כיום
ממשלת המעבר הפדרלית הוכרה על ידי מרבית מדינות העולם בתור הממשלה השלטת במדינה, חרף חוסר יכולתה המעשית לעשות כן. סומליה היא חברה באומות המאוחדות, באיחוד האפריקאי למרות חיכוכים עם הארגון על כוונתו לצרף גם את סומלילנד כחברה מן המניין. סומליה היא ממייסדות ארגון הוועידה האסלאמית.
ממשלת המעבר הפדרלית מחזיקה ב-19 שגרירים במדינות אחרות. אתיופיה מחזיקה בשגרירות משלה במוגדישו וקונסוליות בסומלילנד ובפונטלנד. בדצמבר 2010ג'יבוטי פתחה מחדש את השגרירות שלה. שנה אחר כך עשתה זאת גם הודו, לאחר 20 שנות שיתוק דיפלומטי בין שתי המדינות עקב המצב הביטחוני. ב-2011איטליה ובריטניה הודיעו כי יפתחו מחדש את השגרירויות שלהן במדינה.
