בשנת 1946 התנדב לפלי"ם, והשתתף במבצע שחרור המעפילים ממחנה המעצר בעתלית. הוא פיקד על קורס מפקדי סירות מס' 7 של הפלי"ם, ואחר כך יצא, בשמו המחתרתי "גד", בשליחות המוסד לעלייה ב' לארגון ההעפלה מאירופה. בין היתר שימש כסגנו של יוסי הראל בפיקוד על אוניית המעפילים "אקסודוס", שבה הופקד על הסדר ועל הביטחון. כמפקד ב"אקסודוס" זכה פרי לשבחים על ארגון המעפילים להתנגדות שעוררה מודעות בינלאומית. מיכה היה בכיר המלווים שנשארו עם המעפילים כמפקד מטעם "ההגנה" על אוניית הגירוש "אמפייר רייוול", בדרכה לצרפת ומשם להמבורג. עם זאת, הוא ננזף על ידי שאול אביגור על הניסיון - שנכשל וכמעט ופגע בעיתונאים - להפעיל חבלה באוניית הגירוש, שלא על דעת פיקוד המוסד לעלייה ב'.[2]
בדצמבר 1947 הוא הצטרף ברומניה לצוות המלווים של האוניה "עצמאות" (Pan Crescent) שהובלה על ידי הבריטים ישירות לקפריסין, שם הוא הדריך קורסי הכשרת מעפילים במחנות המעצר בקפריסין.
במהלך קרב נבי סמואל במבצע יבוסי, פיקד פרי על כוח המשוריינים שיצא דרך מעלה החמישה לכיוון נבי סמואל כדי לחלץ את הנפגעים הרבים במתקפה שכשלה. המשוריינים נתקלו במחסום ליד גבעת הרדאר, ונפגעו מאש כוחות ערביים מקומיים וחיילי הלגיון הירדני ששהו במוצב הרדאר. 15 לוחמים נפלו בקרב. ביקורת נמתחה על פרי שנסוג מהקרב ונטש פצועים והרוגים מאחור ( לטענתו - נטש בכדי להזעיק תגבורת ) . ברבות הימים כתב הסופר יורם קניוק את סיפורו "עיטים" בהשראת אירוע זה בו ננטש בשטח וסיפר על כך שוב בספרו תש"ח.[3]
הנפת דגל הדיו באום רשרש (כיום אילת), 1949, כפי שצולמה על ידי מיכה פרי.
במהלך מבצע מוות לפולש פיקד פרי על קרב הסחה אבוד במשלטי חוליקאת (מצפון לחלץ של היום), לאחר שמפקד הגדוד השביעיעוזי נרקיס וסגנו מאיר פעיל סירבו לפקד עליו. במהלך הקרב נקלעה מחלקה של אנשי גח"ל וחברי קיבוצים מהאזור, חסרי הכשרה קרבית, לאש כבדה של הצבא המצרי מטווח קצר, ונסוגה כשהיא משאירה 21 נפגעים בשטח. גופותיהם נמצאו בקבר אחים לאחר כארבעה חודשים, עם כיבוש משלטי חוליקאת על ידי חטיבת גבעתי במבצע יואב.
במבצע עובדה – מהלך הסיום של מלחמת העצמאות – היה פרי בחפ"ק מפקד חטיבת הנגב, שבניגוד להוראות חצתה את הגבול המצרי והגיעה לפני כוחות חטיבת גולני למשטרת אום רשרש, שננטשה על ידי הלגיון הירדני. פרי הנציח במצלמתו את התמונה האיקונית של הנפת דגל הדיו על ידי אברהם אדן (ברן).
.jpg)
