ב-1947 התגייס לפלמ"ח, ושירת בגדוד השני של חטיבת הנגב וכקצין מטה לתפקידים מיוחדים בחטיבה.
ב-1948 כיהן כמפקד יחידת הקישור של צה"ל לאו"ם בנגב. היה ממארגני שיירת האספקה וכוח האדם לנגב.
השתתף ב"מבצע משה", שהיה חלק ממבצע יואב (אוקטובר 1948) ותכליתו הייתה כיבוש באר שבע.
כמושל צבאי הקים הנגבי צוות של אזרחים מתוך אלו שבאו והתיישבו בבאר שבע. פעל לקליטת העולים, הקמת בית ספר ראשון. ביום העצמאות הראשון של מדינת ישראל (מאי 1949) חנך את תחנת הכוח הראשונה של חברת החשמל, וחוצות העיר הודלקו בתאורת רחוב בפעם הראשונה בתולדות העיר.[4]
ב-26 בפברואר1950 נערכה הפתיחה החגיגית של ועדת העירייה, שהתקיימה במועדון החייל בבאר שבע. הנגבי סיים את תפקידו כמושל צבאי לאחר שמסר את ניהול העיר לדוד טוביהו, במעמד שר הפניםחיים משה שפירא.
הבית שוכן מול גן הנשיא בעיר העתיקה. זהו בית ערבי שנבנה בשנות ה-30 ובו התגוררה משפחה נוצרית אמידה. הבית בעל אופי "מערבי" יותר מרוב בתי העיר מאותה התקופה. השימוש בקווים ישרים במקום קשתות, במיוחד בחלונות, נחשב לאופנה מודרנית יותר בבנייה הערבית באמצע שנות השלושים. מרפסת הכניסה הגדולה נבנתה ביציקתבטון. הכניסה מוליכה לאולם גדול, שממנו הסתעפו חדרי הבית. הכניסה האלכסונית לא הייתה אז נפוצה, והשימוש בדגם זה, החורג מהמוכר, מהווה גם הוא עדות לאופיו הפחות שמרני של בעל הבית.
כיום משמש המבנה בית קפהמסעדה ומרכז לטיפולים אלטרנטיביים בשם "מטה במדבר".
לקריאה נוספת
'Hanegbi, Michael,' in: Who's who in World Jewry, 1955, p. 315.
ישראל זיסק, 'מיכאל הנגבי ז"ל: 100 שנים להולדתו ו-10 שנים לפטירתו', השבוע בבית (עלון שבועי של קיבוץ נגבה) 36 (2750) (ו' בתמוז תשע"א, 8 ביולי 2011), 6 (לא ממוספר)