המוזיאון נחנך ב-25 בנובמבר 2001 במבנה אשר שימש עד 1985 את בית הכנסת זולפריס (Zülfaris) באיסטנבול. בית הכנסת פעל במשך יותר מ-150 שנה ופסק לפעול לאחר הידלדלות הקהילה היהודית שהשתמשה בו. המוזיאון הוקם באמצעות תמיכה כספית של משפחת קמחי היהודית. בחצרו הוצג פסל שיצרה האמנית נדיה ארדיטי, שהוקדש לזכרם של החיילים היהודים שנפלו בשורות צבא האימפריה העות'מאנית במלחמת העולם הראשונה ואלו שנפלו במלחמת העצמאות של טורקיה ובמלחמת קוריאה.
בסוף שנת 2015 הועתק המוזיאון ממקומו ובינואר 2016 החל לפעול שוב בתוך מתחם בית הכנסת נווה שלום באיסטנבול. עם המעבר חודש תוכן התצוגות במוזיאון ונוספו לו טכנולוגיות תצוגה חדשות.[1]
תצוגות הקבע במוזיאון מתארות את ההיסטוריה בת 2,600 השנים של היהודים בטורקיה לרבות היבטיה התרבותיים, המסורתיים והדתיים ואת תרומתם לארץ שבה חיו. הן כוללות מוצגים שונים לרבות חפצים מסורתיים, כולל תשמישי קדושה. במרכז התרבות הממוקם במפלס התחתון של המוזיאון מוצגות תערוכות מתחלפות. קיר זכוכית שקוף מפריד בין המוזיאון לבין בית הכנסת ומאפשר למבקרים במוזיאון לצפות בפעילות ובטקסים המתקיימים בבית הכנסת.
