מגוואטי היא בתו של סוקרנו, נשיאה הראשון של אינדונזיה. בשנת 1999 התמודדה על נשיאות אינדונזיה מטעם המפלגה הדמוקרטית, אולם הפסידה בבחירות, בין השאר, בגלל התנגדות גורמים איסלמיים לכך שבראש המדינה תעמוד אישה. בבחירות זכתה מפלגתה ל-396 מושבים בפרלמנט והיא נבחרה לסגנית הנשיא[1]. שימשה כסגנית נשיא אינדונזיה בשנים 1999–2001 תחת מנהיגותו של הנשיא עבד א-רחמן וחיד. כשהודח וחיד על ידי הפרלמנט ב-23 ביולי2001, מונתה מגוואטי לנשיאתאינדונזיה במקומו[2]. מיד לאחר הבחירות מינתה לסגנה את מנהיג המפלגה המוסלמית, כדי למנוע התנגדות לכהונתה על רקע היותה אישה[3].