הארגון נוסד במאי 1996 ביוזמת בכירי מועדון דינמו קייב וחברי מועצת ליגת העל האוקראינית ומועדוני כדורגל מקצועניים במדינה. לנשיא הארגון נבחר הריהורי סורקיס. ב-17 ביולי אותה שנה הארגון הוסמך על ידי התאחדות הכדורגל האוקראינית לערוך את כלל טורנירי הכדורגל המקצועניים במדינה.
באוגוסט 2000, סורקיס נבחר לנשיא ההתאחדות לכדורגל ובמקומו נבחר ב-22 בדצמבר סגן נשיא מועדון שחטאר דונצק, ראוויל סאפיולין. שנבחר בהמשך לקדנציה שנייה. בקיץ 2008 נערכה רפורמה בליגת העל האוקראינית בכדורגל עם הקמת ארגון נפרד לניהול הליגה, מה שהותיר לליגה המקצוענית לנהל רק את הליגה הראשונה והשנייה. הארגון עצמו עבר אף הוא רפורמה עם יצירת מועצה לכל ליגה: מועצת הליגה הראשונה ומועצת הליגה השנייה שפעילותן מתואמת עם הליגה המקצוענית.
לקראת עונת 2013/2014 ארוגנה הנהלת הארגון ובה גוף ניהול עליון בשם "מועצת הליגות של ליגת הכדורגל המקצוענית של אוקראינה" (באוקראינית: Рада ліг ПФЛ), שהחליפה גוף קודם בשם המועצה המרכזית. מועצת הליגה מתכנסת מדי רבעון, שזה ארבע פעמים בשנה.
בשנת 2017 הוועד המנהל של התאחדות הכדורגל החלה ברפורמה רחבת היקף בכדורגל האוקראיני. ב-2 באוקטובר2017 מנהלת הליגה הציגה את הרפורמה, במהלכה נערך מיתוג מחדש לכלל הליגות, לרבות שינויי לוגו.
