בנובמבר 1967 הוקם החוג לספרות באוניברסיטת תל אביב, והעומד בראשו, פרופ' בנימין הרושובסקי, שהיה מורהו של האפרתי באוניברסיטה העברית, הזמין את האפרתי להצטרף לסגל החוג, אף שטרם סיים לימודי תואר שני. האפרתי נשלח להמשך לימודיו באוניברסיטת קליפורניה בלוס אנג'לס, ושם סיים את הדוקטורט. הוא חזר ארצה לעמוד בראש החוג לתורת הספרות באוניברסיטת תל אביב ובראש מכון כ"ץ לחקר הספרות העברית.
ב-17 באפריל1974 נשלח להרצות בפני חיילים ברמת הגולן במוצב תל-ענטר שבמובלעת הסורית, שם נפגע בפתחו של הבונקר ונהרג. הוא נטמן בבית הקברות הצבאי קריית שאול.[1] הותיר אחריו אשה, רות, פסיכולוגית במקצועה, וארבעה ילדים.
מכתביו
"על כמה מתכונות אמנות השירה של ביאליק", עם מנחם פרי, 'עכשיו' 18/17, 1966, עמ' 67-43.
