נולד בסלוניקי, לרחל בת הרב משה מילו ולרב שבתי בן גבריאל יהושע. בשנת 1867 (ה'תרכ"ח) בהיותו כבן שש, עלו עמו הוריו לארץ ישראל והתיישבו בירושלים. בצעירותו למד בבית הספר דורש ציון עד שנת 1873 (ה'תרל"ג). החל מגיל 13 למד בישיבה פרטית עם הרב יצחק מולכו, ובמקביל, בין השנים 1874–1881 (ה'תרל"ד - ה'תרמ"א) למד בישיבת "חסד אל" בעיר העתיקה בירושלים, שם למד תורה מפי אביו שהיה מראשי הישיבה.
בשנת 1879 (ה'תרל"ט) נישא לחנה יעל, בת הרב אלעזר מזרחי. לאחר פטירת אביו בסוף שנת 1881 (ה'תרמ"ב), המשיך ללמוד בישיבת חסד אל, אך לאחר תקופה חש צורך במקור פרנסה, והחל לשמש כמורה פרטי בתלמוד.
בחורף של שנת 1900 ה'תר"ס הוזמן לשמש כסגן וכממלא מקום החכם באשי ביפו, וכיהן בתפקיד זה עד לשנת 1904 (סוף ה'תרס"ד). עם סיום כהונתו ביפו, עבר להתגורר בטריפולי שבלוב, שם נבחר לשמש כחכם באשי המקומי, וכיהן בתפקיד עד לשנת 1908 (ה'תרס"ח).
לאחר כיבוש טריפולי בידי איטליה, בשנת 1908 (ה'תרס"ח) מונה לכהן כחכם באשי בחלב שבסוריה, וכיהן בתפקידו שמונה עשרה שנים. בתקופת כהונתו תיקן לטובת הקהילה תקנות רבות, שיפר את המצב התרבותי והכלכלי, הציל בית קברות מהריסה, וייסד בעיר בית יתומים. אף יצא לארצות אירופה וגייס עבור בית היתומים כ-4,000 ליש"ט.
בתקופת מלחמת העולם הראשונה רצה הממשל המקומי לעשות שימוש עבור הצבא בבית כנסת יהודי עתיק, ולהעתיק למקום אחר את בית הקברות היהודי, שקיים לפי המסורת מזמן בית המקדש בשני. הודות להשתדלותו של הרב שבתי, לא נעשה שימוש בבית הכנסת, ובית הקברות לא הועתק.
בשנת 1921 יצא לבואנוס איירס ואמריקה הצפונית בשליחות גיוס כספים עבור בית היתומים בחלב, והרב שבתי בחבוט מונה לכהן כממלא מקומו.[1] בשנת 1924 חזר משליחותו, ודרש את תפקידו בחזרה. בעקבות חילוקי דעות עם נציגי הקהילה שהסיקו כי לא יחזור, נערכו בחירות למשרה, אך הוא לא נבחר. בתקופה זו שב לירושלים, שם התמנה כראב"ד לעדת הספרדים בעיר.
