חדרי המוח (Ventricles) הם מערכת של חללים במוח המחוברים ביניהם, ומלאים בנוזל המוח והשדרה (CSF). הם מצופים בשכבת אפנדימה שהיא אפיתל דק. במקומות מסוימים בחדרים מצויה מקלעת דמים (Choroid plexus), האחראית לייצור נוזל המוח והשדרה.
במוח קיימים ארבעה חדרים:
שני החדרים הלטרליים (הימני והשמאלי)
החדר השלישי
החדר הרביעי
החדרים הלטרליים
כל חדר הוא בצורת C הנמצא מתחת לקליפת המוח ועובר "דרך" כל האונות הקורטיקליות. מתקשרים עם החדר השלישי דרך החלל התוך-חדרי (הפורמינה של מונרו). כל אחד מהחדרים הלטרליים מתחלק לחמישה חלקים:
Anterior horn - קרן קדמית לכיוון האונה המצחית, מקבלת את צורתה מראשו של הגרעין הזנבי, המגדיר את גבולותיו הצדדיים, ומכפיס המוח, המגדיר את גבולותיו העליונים.
Body - גוף באזור האונות המצחית והקודקודית המגיע עד לכפיס המוח, מקבל את צורתו מגוף הגרעין הזנבי, המגדיר את גבולותיו העליונים, ומהתלמוס, המגדיר את גבולותיו התחתונים.
Posterior horn - קרן אחורית לכיוון האונה העורפית - האחרונה בסדר ההתפתחות של החדרים, ובעלת שונות רבה בגודל. תופעה מעניינת היא שפעמים רבות, הקרן האחורית השמאלית גדולה יותר מזו הימנית, אצל אנשים הכותבים ביד ימין.[דרוש מקור]
Inferior horn - הקרן התחתונה/ הרקתית, אשר מכוונת לאונה הרקתית, מקבל את צורתו מזנב גרעין הקאודט המגדיר את גבולותיו העליונים ומההיפוקמפוס המגדיר את גבולותיו התחתונים.
Atrium/ Trigone - אטריום או טריגון - המקום בו הגוף פוגש את הקרן האחורית והקדמית.
החדר השלישי
החדר השלישי ממלא את רוב החלל האמצעי של הדיאנצפלון וצורתו כשל דונאט מעוותת. החור של הדונאט הוא interthalamic adhesion, אשר חוצה את החדר השלישי אצל מרבית בני האדם. החדר השלישי מסתיים ב lamina terminalis - זכר לקִצו של הצינור הנוירונלי העוברי. החדר השלישי מקבל את צורתו בעיקר מהתלמוס וההיפותלמוס. בסופו של החדר השלישי ישנה היצרות שמסמלת את סוף החדר השלישי ותחילת האקוודוקט של סילביוס אשר חוצה את המוח האמצעי.
המתאר של החדר השלישי חושף ארבע בליטות שנקראות recesses ומסמלות מיקומים שונים. שתי בליטות הנמצאות לפני ומאחורי תצלובת הראייה ושתי בליטות הנמצאות באזור בלוטת האצטרובל. גגו של החדר השלישי הוא למעשה ממברנה המכילה מקלעת דמים (רשת של כלי דם).
החדר הרביעי
החדר הרביעי נמצא בין המיספרות המוח הקטן בחלקו העליון ובין חלקי הפונס והמוח המוארך בחלקו התחתון. צורתו היא כצורת אוהל שגגו מורם מעט, ההתרוממות של הגג יוצרת בליטות אשר חודרות לתוך המוח הקטן. החלק שרוסטרלי לקודקוד האוהל נקרא Superior medullary velum, ואילו החלק הקאודלי לקודקוד האוהל נקרא Inferior medullary velum. הרצפה (rhomboid fossa) יחסית שטוחה ובעלת צורת יהלום, בהתאמה לכך שהחדר הרביעי הולך ומצר אל האקוודוקט של סילביוס ולבסוף לתעלה המרכזית - central canal. בנקודת הקודקוד של היהלום הופך החדר הרביעי לצינור צר (Lateral recess) שממשיך ומתלפף סביב גזע המוח ומסתיים בחיבור לפלוקולוס של המוח הקטן. ה-Superior medullary velum הוא שכבה דקה של חומר לבן - אקסונים הקשורים למוח הקטן, ואילו ה-Inferior medullary velum הוא ממברנה המכילה מקלעת דמים, בדומה לגג החדר השלישי.
