נולד ב-1937 בוואסרביליג. סיים תואר ב"מכון למדע המדינה פריז" ב-1959, וב-1961 קיבל דוקטורט במשפטים.
סאנטר היה פעיל במפלגת העם הסוציאל-נוצרית (CSV). בשנים 1972-1974 החל לכהן כשר זוטר בממשלה. בשנים 1979–1984 היה שר האוצר, העבודה והביטוח הלאומי, בממשלתו של פייר ורנר (שהקואליציה בה הורכבה ממפלגת העם הסוציאל-נוצרית ומהמפלגה הדמוקרטית).
אחרי הבחירות ב-1984, פרש פייר ורנר מראשות הממשלה ומהחיים הפוליטיים, וסאנטר מונה במקומו לראש הממשלה. הוא הרכיב קואליציה עם מפלגת העובדים הסוציאליסטית הלוקסמבורגית (השנייה בגודלה אחרי מפלגת העם), וקואליציה זו נותרה בשלטון עד 1999.
בשנים הראשונות לשלטונו הוביל סאנטר את המשא ומתן במדינות אירופה לקראת החתימה על אמנת המיזוג (Single European Act) ב-1986; האמנה היוותה שינוי משמעותי ראשון בתכני הסכם רומא.
בשנים 1995–1999 כיהן סאנטר כנשיא הנציבות האירופית (הרשות המבצעת של האיחוד האירופי). הוא נבחר כמועמד פשרה בין בריטניה לבין גרמניה-צרפת, שלא הגיעו להסכמה על מועמד מטעמן. ב-1995 הוא גם היה הזוכה הראשון בפרס "Vision of Europe" (תואר כבוד על הישגים יוצאי דופן בנושא עתידה של אירופה).
לאחר התפטרותו מתפקידו ב-1999, כיהן סאנטר כחבר הפרלמנט האירופי, עד 2004. במקביל מונה לדירקטוריון חברת ההחזקות הפיננסיות "General Mediterranean Holding", ובהמשך לחברות נוספות.
