עם תחילתה של המהפכה הצרפתית אובר דה בייה הגיע לצרפת, אבל בתחילה היה עוין את הרעיונות המהפכניים. אבל כדי לקדם את עצמו כבר ב-1791 הוא הפך לחבר בבית המחוקקים, ולאחר מכן מ-8 ביולי1792 עד 22 ביולי 1792 היה נשיא האספה הלאומית הצרפתית ("האספה המחוקקת").
ב 1796 התמנה כשגריר לאימפריה העותמאנית כאשר המשימה שלו היא להחזיר את היחסים הדיפלומטיים בין צרפת והאימפריה העותמאנית לברית נגד רוסיה. במסגרת זו נשלח עם ציוד ארטילריה, תותחנים ומהנדסים צרפתים כדי לעזור בפיתוח מאגרי הנשק העות'מאניים. כמו כן קציני חי"ר ופרשים אמנו את היניצ'רים, באופן אירוני, חלק מהחיילים האלה, שהוכשר לשיטות מערביות, הועסקו בהצלחה נגד החיילים צרפתים של נפוליאון כמה שנים מאוחר יותר תחת סר סידני סמית במצור על עכו בשנת 1799.
אובר דה בייה נפטר ב 1797 בקונסטנטינופול. אלמנתו חזרה לצרפת ונישאה לעוזרו הוותיק ז'אן-פרנסואה דה קאר.