לאחר המלחמה טיפס בתפקידי הפיקוד הצבאיים ובשנת 1925 התמנה כראש המחלקה להכשרת חיילים במשרד ההגנה.
בשנים 1929–1933 שימש כמפקד הדיוויזיה ה-1, וכמפקד הצבאי העליון של פרוסיה המזרחית.
פון בלומברג סבר שעל מנת שגרמניה תשיג את מעמדה הראוי בקרב העמים נחוצה מלחמת עולם נוספת.
בשנת 1928 ביקר בברית המועצות לצורך הרחבת הסיוע הצבאי לסובייטים והתיאום הביטחוני עמם. ביקור זה חיזק את השקפותיו שהדרך הטובה ביותר לגייס את כל משאבי המדינה ולהכין את החברה למלחמה טוטלית היא הפיכת גרמניה לדיקטטורה. בביקורו בארצות הברית ב-1931 הביע עמדות פרו-נאציות ועשה כך גם כראש המשלחת הצבאית הגרמנית לוועדה הבינלאומית לפירוק החימוש בז'נבה.
בשנים 1932–1933. השקפותיו של פון בלומברג ייצגו גם חלק נרחב מצמרת הוורמאכט.
עוד בטרם עלה היטלר לשלטון בינואר 1933, מינה הנשיא פאול פון הינדנבורג את פון בלומברג לשר ההגנה (המינוי נעשה בניגוד לחוקי רפובליקת ויימאר). במקביל הועלה לדרגת גנרל.
למרות שבתחילה יחסיו של פון בלומברג עם ארנסט רהם והאס אה היו טובים, המצב השתנה כאשר רהם שאף למיזוג הוורמאכט לתוך האס אה דבר זה עמד בניגוד גמור להשקפותיו של פון בלומברג. המצב החמיר עם צירופו של רהם לממשלה. פון בלומברג רצה להוכיח את נאמנותו של הוורמאכט לעקרונות הנאצים ויזם בתחילת 1934 חוק שלפיו כל היהודים בצבא שוחררו לאלתר תוך שלילת דרגותיהם. בנוסף, שכנע את היטלר שעליו להיפטר מרהם ומהאס אה כדי לזכות בתמיכת הצבא. היטלר שוכנע וחיסל את צמרת האס אה ביולי 1934, באירוע שכונה ליל הסכינים הארוכות. פון בלומברג לא הגיב כלל, למרות רציחתם של שני קצינים בכירים באירוע, קורט פון שלייכר ופרדיננד פון ברדוב.
לאחר מותו של פון הינדנבורג באוגוסט אותה שנה, חייב בלומברג את כל חיילי הצבא להישבע אמונים להיטלר.
בשנת 1935, כאשר הפך משרד ההגנה למשרד המלחמה, נתמנה בלומברג לשר המלחמה וגם למפקד העליון של הכוחות המזוינים, מינוי שהיה לצנינים בעיני מתחריו ובפרט בעיני הימלר וגרינג. בשנת 1936 קודם לדרגת גנרלפלדמרשל. בסוף ינואר 1937 הצטרף למפלגה הנאצית וקיבל את "עיטור הזהב" מטעמה.
בנובמבר 1937 השתתף פון בלומברג בוועידת הוסבאך והביע את הסתייגותו מתוכניתו של היטלר ליציאה קרובה של גרמניה למלחמה.
בספטמבר 1937 פגש בלומברג בברלין אשה צעירה (בת 26) בשם ארנה גרון (Erna Gruhn), מזכירה בעיסוקה,
והתאהב בה. באותה עת, היה בלומברג אלמן בן 60 ואב לחמישה ילדים בוגרים. הוא החליט להתחתן איתה, ופנה בסוף 1937 לגרינג לקבל את ברכתו, כיוון שהנהלים לנישואי חיילים, אותם הקשיח פון בלומברג בעצמו, לא איפשרו לזוג להנשא. גרינג אישר את הנישואים ואף שלח חתן מיועד אחר לתפקיד מחוץ לגרמניה.
גרינג והיטלר נכחו בטקס החתונה הצנוע שנערך ב-12 בינואר1938 במשרד המלחמה וגרינג שימש בה כשושבין.
זמן קצר לאחר מכן החלו להופיע שמועות על עברה המפוקפק של הכלה; הסתבר שהיה לה תיק במשטרת ברלין, היא הואשמה בזנות ואף הצטלמה בצילומים פורנוגרפיים.
מפקד משטרת ברלין, הרוזן פון הלדורף, העביר את התיק לגרינג והלה העבירו להיטלר בחפץ לב. היטלר היה המום וחשש שיוודע שפילדמרשל גרמני התחתן עם זונה. הוא ביקש מבלומברג להתגרש וכאשר סירב, איים עליו גרינג בפרסום עברה ברבים. פון בלומברג נאלץ להתפטר מתפקידו כשר בסוף ינואר 1938.[1] כאקט אחרון של נאמנות הוא המליץ על היטלר כיורשו בתפקיד. ימים ספורים לאחר מכן אף שוחרר מן הוורמאכט.
פרשה זו, המכונה פרשת בלומברג-פריטש, על שמו של בלומברג, ומחליפו בתפקיד ורנר פון פריטש, שעד מהרה הסתבך אף הוא בשערורייה דומה ופוטר, מסמנת את השתלטותו האישית של היטלר על הוורמאכט. ב-4 בפברואר נכנס היטלר לתפקידו של פון בלומברג.
אחרית ימיו
בלומברג יצא עם אשתו לירח דבש מורחב בקאפרי שבאיטליה וקיבל מענק פרישה של חמישים אלף מארקים ופנסיה של פלדמרשל, בעוד שבציבור פורסם שפרישתו נבעה מסיבות בריאות.
הוא ניסה לחזור פעם אחת לצבא אחרי פרישתו, הוא שלח להיטלר מכתב שבו הוא מבטיח להתגרש מאשתו אם היטלר יחזיר אותו לתפקידו, היטלר דחה את הצעתו.[דרוש מקור]
לאחר שובם מאיטליה התיישבו בלומברג ואשתו בעיר הקיט הבאווארית באד ויזה וחיו בה באלמוניות.
בשנת 1945 נתפס בלומברג על ידי בעלות הברית, בחשד לביצוע פשעי מלחמה הושם במעצר והעיד במסגרת משפטי נירנברג.
בפברואר 1946 אובחן כחולה בסרטן המעי הגס. בשבועות חייו האחרונים היה שרוי בדיכאון וסירב לאכול.
ורנר פון בלומברג מת בנירנברג ב-14 במרץ1946 ונקבר בקבר לא מסומן ללא טקס.
מאוחר יותר, גופתו נשרפה, ואפרו נטמן בביתו שבבאד ויזה.
פון בלומברג היה נשוי פעמיים. מרעייתו הראשונה, שרלוט הלמיך (נישאו ב-1904, נפטרה ב-1932), נולדו לו חמישה ילדים.