מיד עם כניסתם של הגרמנים לעיר, ארגנו יחידות האיינזצגרופן בשיתוף עם לאומנים אוקראינים פוגרום, כביכול כתגובה לרציחתם של כ-2,000 עד 10,000 אסירים בידי הנ.ק.ו.ד. (בעיקר אינטלקטואלים ופעילים פוליטיים פולנים ואוקראינים) בשלושת בתי הכלא בלבוב. על פי מומחים אוקראינים, מרבית הקורבנות מקרב האסירים היו אוקראינים. אף על פי שבין קורבנות הנ.ק.ו.ד. היו גם יהודים, אלו הואשמו על ידי חלק מהאוקראינים בשיתוף פעולה עם הסובייטים. טרם מעשי הטבח, הפיצו הגרמנים והאוקראינים שמועות הקושרות את היהודים לרצח אסירים פוליטיים אוקראינים. בכך שלהבו את ההמון, שהחל במעשי תקיפה, התעללות, עינויים ורצח של יהודים, ובאונס של נשים יהודיות תוך כדי תיעוד המעשים על ידי חיילים גרמנים[4]. על רקע הפוגרום ביהודי העיר אותו ערכו, ב-30 ביוני 1941 התכנסו ראשי ארגון הלאומנים האוקראינים בלבוב, וסגנו של סטפן בנדרה הקריא בפניהם את ההכרזה על חידוש המדינה העצמאית האוקראינית[5]. בפוגרום השתתפו גם גדוד "נכטיגל" שהורכב בעיקר מאנשי ארגונו של בנדרה שפעלו תחת פיקוד גרמני[6], וכן אנשי המיליציה הלאומית האוקראינית, שהוקמה על ידי ארגון הלאומנים האוקראינים לאחר כיבוש העיר. כמעט 4,000 יהודים מיהודי העיר נרצחו במהלך הפוגרום, שנמשך ארבעה ימים מ-30 ביוני 1941 ועד 3 ביולי 1941[7].
ימי פטליורה
פוגרום שני התרחש בעיר בסוף חודש יולי1941, וזכה לכינוי "ימי פטליורה", על שמו של המנהיג האוקראיני סימון פטליורה, שהנהיג את הממשלה הלאומנית בעת הפרעות ביהודים ב-1919, ונחשב גיבור לאומי בעיני הלאומנים האוקראינים. הוא נורה ונהרג בפריז בידי שלום שוורצבארד, יהודי אוקראיני אשר התנקש בו לאור יום, הסגיר את עצמו מיד למשטרה הצרפתית וזוכה בבית המשפט עם חשיפת הזוועות. את הפוגרום ארגנו גורמים בחוגים הלאומניים האוקראיניים בעידוד הגרמנים. ב-25 ביולי חברו לאומנים אוקראינים מאזורי הסביבה למיליציה האוקראינית, ויחד פתחו במעשי אלימות כנגד יהודי העיר, והסתערו עליהם באלות, בסכינים ובגרזנים. נשים יהודיות הופשטו, נרדפו, הוכו ונאנסו. יהודים הובלו אל בית הקברות היהודי, שם נרצחו באכזריות. שוטרים אוקראינים נעו בקבוצות קטנות וסרקו אחר יהודים מרשימות, בעיקר מקרב האינטליגנציה היהודית. אלו רוכזו, הוכו, ונרצחו בחלקם. כ-2,000 יהודים נרצחו במהלך ימי הפוגרום[8].
לאחר הפוגרומים
לאחר הפוגרומים הקימו הנאצים בעיר את גטו לבוב, שאכלס כ-120,000 יהודים אשר גורשו רובם למחנה ההשמדה בלז'ץ או נרצחו בתחומי העיר במהלך השנתיים שלאחר הפוגרומים. קהילת יהודי העיר הושמדה כמעט לחלוטין עקב הפוגרומים, מעשי הרצח של יחידות האיינזצגרופן, התנאים הקשים בגטו והגירושים למחנות הריכוז הנאציים, ביניהם מחנה העבודהינובסקה שבפאתי העיר. כ-200 עד 300 יהודים בלבד נותרו בעיר עם כניסת הצבא האדום אליה ב-1944.
במאי 1960 אולץ שר הפליטים של גרמניה המערבית, תיאודור אוברלנדר, להתפטר לאור טענות על חלקו בפוגרומים בלבוב עת שירת בגדוד האוקראיני שביצע את הפוגרום.