בשנת 1939 הוא פרסם את העבודה שנחשבת להישגו המשפיע ביותר, ספר העוסק בחותמות גליל: "Cylinder Seals: A Documentary Essay on Ihe Art and Religion of the Ancient Near East".[2] בעבודה משותפת עם אשתו, עם ג'ון א' וילסון(John A. Wilson) ועם ת'ורקילד ג'ייקובסן(Thorkild Jacobsen) הוא פרסם את "The Intellectual Adventure of Ancient Man" בשנת 1946, בעבודה משפיעה על האופי של מיתוס ומציאות. בשנת 1948 הוא מונה למנהל מכון ורבורג בלונדון. יחד עם ארנסט ווליס באדג', הציע טענה מהפכנית לזמנו כי התרבות המצרית, מבחינה תרבותית, דתית, ואתנית נבעה מאפריקה ולא מאסיה. הוא כתב 15 ספרים ומאמרים וכ־73 מאמרים לכתבי עת על מצרים העתיקה, בנושאי ארכאולוגיה ואנתרופולוגיה תרבותית, ובמיוחד על מערכות דתיות של המזרח הקרוב הקדום.
פרנקפורט מת בלונדון בגיל 57.
מספריו
The Mural Painting of el-Amarna (1929)
The Cenotaph of Seti I at Abydos (together with A. de Buck and B. Gunn, 1933)
The City of Akhenaten volume II (together with John Pendlebury, 1933)