בשנות ה-50 נישא לאסתר ליבא חברוני, בתו של ראש ישיבת חברון הרב אברהם משה חברוני לאחר שהרב אהרון קוטלר הציע את השידוך לרב חברוני באחד מביקוריו בארץ. לאחר נישואיו התגורר בארצות הברית. בשנת 1960 עלה לישראל. היה הרב הראשון של היישוב מעלה עמוס. לאחר מכן התיישב בשכונת גאולה בירושלים, סמוך לישיבת חברון. מאוחר יותר התמנה לר"מ בישיבה ולאחר מכן לראש ישיבה לצד ראשי הישיבה הרב שמחה זיסל ברוידא והרב אברהם פרבשטיין.
ישיבת כנסת הגדולה
בשנת תשנ"ו ייסד את ישיבת כנסת הגדולה במודיעין עילית, המכונה על שמו, "ר' הלל" (הוא התגורר בקארווילה בתוך מתחם הישיבה). במקביל עזב את תפקידו בישיבת חברון אך המשיך למסור שיעור כללי ('שיעור פתיחה') בישיבה בכל תחילת 'זמן' עד לשנת תשס"ח2008. לאחר מכן, עד כשנתיים קודם פטירתו היה מגיע בעשרת ימי תשובה לישיבת חברון למסור שיחה קודם יום כיפור.
לאחר פטירתו ממלא את מקומו בראשות הישיבה בנו, הרב יצחק זאב זקס.
בשנת תשע"ג פתח בסמוך לישיבה הגדולה את ישיבת כנסת הגדולה לצעירים, והעמיד בראשה את הרב הגאון ר' מרדכי ברגמן, נכדו (נשוי לבת חתנו הרב חיים מן) ובוגר הישיבה.
בישיבה מושם דגש מיוחד על לימוד ספרי הרמח"ל.
דרכו והשקפתו
הרב זקס ראה בספרי הגר"א והרמח"ל את התשתית להשקפתו התאולוגית. כפועל יוצא מכך, התנגד לחסידות ובספריית ישיבתו אין ספרי חסידות.
הרב זקס ביקש ליצור משנה מקורית והיה ביקורתי באופן קיצוני ביחס להשקפות ולנורמות המקובלות בעולם היהודי בכלל ובמגזר החרדי בפרט (הרב זקס היה מיודד עם הרב גדליה נדל, והיה אחד מהמעטים שהספידו אותו[2]). הרב זקס החזיק בעמדות מקוריות וקיצוניות במגוון תחומים. בין היתר התנגד נחרצות לשימוש בשפת היידיש ואסר על הדיבור בה בביתו, ומאידך גיסא התנגד לשימוש במילים שחודשו בעברית המודרנית, התנגד להצבעה בבחירות[3],מהטעם שראה בכך מעשה חסר תועלת, שכן "לב מלכים ושרים ביד ה' ". ראה בביטול העבדות שפל אנושי, והטיף למחיית עמלק "בשמחה ובשנאה" (החזיק בביתו סכין שהוקדשה לקיומה העתידי של מצווה זו, כשהיא נתונה במסגרת לראווה). ישנה שמועה שנמנע מלהצטרף למועצת גדולי התורה אף שהתבקש בכך מהרב שך.[דרוש מקור]
דרכו בחינוך תלמידיו
הגם שהרב זקס ביקש ליצור משנה תאולוגית סדורה, הוא התקשה להעבירה הלאה לתלמידיו. תלמידיו יודעים לצטט בשמו אמרות כנף שנונות וביקורתיות כלפי השקפות ונורמות מקובלות, אך אינם יודעים לומר מה הייתה השקפת עולמו הכללית. הרב זקס היה מוסר באופן קבוע 'חבורות' בספרי רמח"ל כגון דעת תבונות, דרך ה' ומאמר הגאולה - וזאת בכדי להעביר את משנתו התאולוגית - יזמה שהצליחה באופן חלקי בלבד (תלמידיו זוכרים משיעורים אלו ביקורות עוקצניות, אך לא את משנתו החיובית).
הרב זקס היה מוסר בשבוע כשלושים שיעורים ויותר לבני הקהילה והישיבה, עד שבעצת רופאיו (בערך כשנתיים לפני פטירתו) עקב העומס הגדול החל למסור מספר מועט יותר של שיעורים. היה מוסר שיעור כללי פעמיים בשבוע (בימי שני ושישי). כמו כן מסר שיעורים מיוחדים כל יום מימי החנוכה לפני הדלקת הנרות ובמוצאי יום כיפור כשעה וחצי לאחר צאת הצום.
סגנונו האישי
הרב זקס החזיק בקשר חם עם תלמידיו, ולפני כל יציאה למסע גיוס כספים בחו"ל היה אוסף את בני הישיבה בבית המדרש ומתנה בפניהם את צערו על כך שהוא נאלץ לעזוב אותם ולצאת אל הניכר. בסוכות ובפסח היה מקבל בביתו אלפי תלמידים ובוגרים מרחבי הארץ שהיו עולים להקביל פני רבם.
כמחנך שנקט בשיטת "גדלות האדם", נתן אמון רב בתלמידיו והעניק להם חירות רבה, והיה נמנע מלפקח עליהם ולבקר בפנימיות. היה נוהג בחביבות רבה כלפי תלמידיו, והיה משלב בשיעוריו ובשיחותיו הפרטיות הומור רב. כתוצאה מכך ההווי בישיבה מתאפיין באופי קליל וליצני מעט, באופטימיות, ובגאוות יחידה הנובעת מהימנעות מנורמות והשקפות שנתפסות בישיבה כחסרות טעם ובלתי מבוססות.
לאחר פטירתו הוציא בנו הצעיר (הרב מנחם מנדל יוסף) סדרת ספרים בשם 'הרופא לשבורי לב' (ראשי תיבות "הלל") שם רוכזו שיחותיו שנאמרו בישיבה לאורך השנים על פי סדר פרשיות השבוע ומועדי השנה. הספר מהווה את בסיס ההשקפה בישיבה לבחורים הצעירים שלא זכו לשומעו באופן ישיר. וכן הוציא ספר חפץ חיים עם שיעוריו על העמוד וקראם בשם "מענה לשון".
