בונדר נולד בברית המועצות בשם דמיטרי בונדרב (ברוסית: Дмитрий Бондарев). בשנת 1990עלה לישראל עם משפחתו, אשר השתכנה ביהוד. לאחר שנה עברה המשפחה להתגורר בקיבוץגזית שבעמק יזרעאל, שם החל בונדר לשחק כדורגל בקבוצת הילדים של הקיבוץ. כשהיה בן 12 עבר לשחק בכפר כמא הסמוכה, בקבוצה שאומצה על ידי הפועל חיפה. בגיל 14 עבר לשחק בקבוצת "הכח אפק" שבקיבוץ אפק, ולאחר מכן הגיע למחלקת הנוער של הפועל תל אביב.
בונדר ערך את הופעת הבכורה שלו בקבוצה הבוגרת של הפועל תל אביב בגיל 17, במשחק מול מכבי פתח תקווה שנערך ב-3 בנובמבר2004 במסגרת גביע הטוטו, ובמקביל המשיך לשחק בקבוצת הנוער. בקיץ 2006 הועלה בונדר לסגל הקבוצה הבוגרת על ידי מאמן הקבוצה יצחק שום. למרות גילו הצעיר (19), הספיק בונדר להופיע במדי קבוצתו בגביע אופ"א מול קבוצת דומז'אלה הסלובנית, ואף השתתף במשחקים האחרים של הקבוצה באירופה בעונת 2006/2007. במהלך העונה תפס מקום של קבע בהרכב קבוצתו ואף זכה עם הפועל תל אביב בגביע המדינה באותה עונה.
במהלך משחק ליגה נגד הפועל כפר סבא, נפגע פגיעה קשה ברצועות הברך ונאלץ לפרוש מהמשך המשחקים בעונת 2007/2008. לאחר שנפצע שוב במהלך עונת 2008/2009, לא מצא את מקומו בהרכב הפועל ועבר לעירוני קריית שמונה במסגרת עסקה בה קיבלה הפועל את עדן בן בסט, וקריית שמונה קיבלה את בונדר ועידן סרור בהשאלה.
בתחילת עונת 2009/2010 שב בונדר להפועל תל אביב, והתחרה על עמדת המגן הימני עם עומרי קנדה. בונדר היה שותף להישגיה הרבים של הקבוצה בעונה זו, עת סיימה את שלב הבתים של הליגה האירופית במקום הראשון, ובתום העונה זכתה בדאבל, תחת הדרכתו של המאמן אלי גוטמן. בינואר 2011 כבש את שערו הראשון אי פעם בקבוצת הבוגרים, בניצחון על הפועל אשקלון. בסוף עונת 2010/2011 זכה עם הקבוצה בגביע המדינה בפעם השנייה ברציפות.
לקראת עונת 2011/2012 הפך בונדר לשחקן חופשי, ועבר לשחק בקבוצת וולגה ניז'ני נובגורוד מליגת העל הרוסית[1]. בעונתו הראשונה שותף ב-14 משחקי ליגה, אך לאחר מכן איבד את מקומו בסגל הקבוצה, ובפברואר 2013 שוחרר מהמועדון.
בעונת 2015/2016 שימש בונדר כעוזר מאמן בקבוצת הנוער של הפועל תל אביב, ובקיץ 2016 מונה למאמן קבוצת הנוער של הפועל רעננה וזכה בגביע המדינה לנוער עם הקבוצה. בקיץ 2017 מונה לעוזר מאמן בקבוצה הבוגרת של הפועל רעננה. באוקטובר 2017, לאחר פיטוריו של המאמן גיא לוי, החל בונדר לשמש כמאמן הקבוצה עד החתמתו של מנחם קורצקי.
