בשנת 2000 חזר לשליחות בדרום אפריקה ועד שנת 2014 שימש שם בתפקידי חינוך והנהגה שונים. בין היתר שימש כרב תנועת המזרחי של דרום אפריקה, רב בית המדרש ביוהנסבורג, וראש בית הספר התורני הראשון בדרום אפריקה[2].
בשנת 2014 חזר לישראל עם משפחתו והחל לכהן כיו"ר תנועת מזרחי העולמית. פרץ ערך שינויים בתנועה וחיזק את הקשר עם יהדות התפוצות. כחלק מתפקיד זה משמש כציר בקונגרס הציוני וכן בחבר הנאמנים של הסוכנות היהודית. החל מינואר 2024 מכהן גם כראש המערך לשירותים רוחניים בתפוצות של ההסתדרות הציונית[3].
בשנת 2023, לכבוד יום העצמאות ה-75 למדינת ישראל, הוציא את הספר באנגלית: "The Jewish State From Opposition to Opportunity". במהלך מלחמת חרבות ברזל תורגם הספר לעברית ויצא בהוצאת סלע מאיר בשם: "למה דווקא היהודים?"[4].
חיים אישיים
בפינה הימנית העליונה - מדבקה לזכרו של דניאל-שמעון פרץ, בנם של שלי שרון ודורון אליעזר, שנפל בקרב מוצב נחל עוז
