אמיגה החל את דרכו בקבוצת הנוער של מכבי יפו. בעונת 1975/1976, בגיל 16 בלבד, הוקפץ לקבוצה הבוגרת של המועדון. הוא נחשב לאחד מכשרונותיה הגדולים של מכבי יפו. בין משחקיו הגדולים והבודדים שתועדו, כבש שלושער לרשת הפועל חיפה במחזור האחרון של עונת 1980/1981 והוסיף 3 בישולים[3] בניצחון 6-2 של קבוצתו, אשר הוריד את הפועל חיפה לליגה הארצית, אז הליגה השנייה, לראשונה בתולדותיה. באותה עונה כבש אמיגה שער מ-40 מטרים לשערו של אריה בז'רנו שוער הפועל תל אביב (כדורגל).[4]
במחזור האחרון בעונת 1981/1982 כבש אמיגה שער ניצחון לרשת מכבי נתניה באצטדיון הקופסה, שער ששלל מנתניה את האליפות באחת מעונותיה הגדולות בהיסטוריה.[5]
בשיא כוחו קיבל אמיגה מברק, בו זומן לסגל נבחרת ישראל בכדורגל. בשל התנהלות רשלנית מצידו, אמיגה לא נענה לזימון ולא התייצב לאימוני הנבחרת. בשל כך, פיספס את ההזדמנות לשחק במדים הלאומיים.
ארבעה מחזורים שיחקה מכבי יפו בלי דוד אמיגה. ארבעה מחזורים של יאוש, תיסכול ונקודת ליגה אחת. "כדורגלן פרובלמטי" - אמרו עליו. אתמול, בפתח-תקוה, הוא סגר לכולם את הפה. ב-25 הדקות ששיחק חירר אמיגה את הגנת הפועל פתח-תקוה וניצח לבדו, בפירוש לבדו, 1-3.
— מעריב 21.10.1984
בעונת 1982/1983 נרכש אמיגה על ידי מכבי תל אביב ב-275 אלף דולר, סכום שיא דאז, לבקשת מאמן הקבוצה דוד שווייצר. דרמה גדולה התרחשה סביב המעבר, שהוכרעה לבסוף בהחלטת בית המשפט המחוזי בתל אביב[דרוש מקור]. הנהלות מכבי תל אביב ומכבי יפו סיכמו ביניהם על העברת החלוץ, בעוד אמיגה עצמו, באותו ערב, סיכם עם הנהלת בני יהודה תל אביב בראשות האחים סולמי על העברתו לקבוצה בלא ידיעת מנהליו מיפו. עם ידיעת הדבר, פנו ראשי מכבי תל אביב ומכבי יפו אל האחים סולמי. לאחר סירובם לשחרר את החלוץ מהתחייבויותיו, הובא העניין בפני בית המשפט שפסק שאמיגה יהיה שחקן מכבי תל אביב.[6] במסגרת אותו סיכום שהושג, עבר חברו לקבוצה משה אוננה לשחק בבני יהודה.[7]
אמיגה הגיע עם קבוצתו החדשה לגמר גביע המדינה באותה עונה, כשהם מדיחים את מכבי חיפה בשלב חצי הגמר בדו-קרב פנדלים, לאחר 4:4 בסיום 120 דקות, במשחק שנבחר כגדול ביותר בכל הזמנים בכדורגל הישראלי.[1] אמיגה בישל 3 שערים במשחק, והחמיץ בעיטת עונשין בדו-קרב הפנדלים, אך הצליח להעפיל לגמר עם קבוצתו לאחר ניצחון 4–5 בפנדלים. אמיגה לא הורשה לשחק בגמר בהוראת הצוות הרפואי בעקבות בעיות עיניים, ושם נחלה מכבי הפסד ליריבה העירונית הפועל תל אביב 3-2.
אף על פי שהגיע כהבטחה גדולה, לא הצליח אמיגה לממש את הפוטנציאל הגדול במדי מכבי. הוא סבל מבעיות ראייה, דבר שניסו להתגבר עליו בקבוצה בעזרת טובי רופאי העיניים, עדשות וטיפולים מיוחדים לתקופה, אך ללא הועיל. אמיגה הרבה להחמיץ, ולבסוף הסתבר ששיחק עם דלקות בעיניו.[6] במדי הצהובים כבש 6 שערים בעונתו היחידה במועדון.[8]
בעונת 1983/1984 לאור מחאת אוהדים להשבתו והתנהלות לא מקצוענית בעיני אנשי מכבי, חזר אמיגה ליפו. שם, במשך 3 עונות תחת המאמן מרדכי שפיגלר, ניצלה יפו מירידה במחזורי הסיום בזכות שעריו.[9] בקיץ 1987, עם נשירת יפו לליגה הארצית והתדרדרות ראייתו, עבר לשחק בליגות הנמוכות בקבוצות לזרוס חולון, הפועל אור יהודה ונווה גולן עד פרישתו מהמשחק בגיל 34.
