גוטי החל את הקריירה ב-1986 בגיל 9 בקבוצת הילדים של ריאל מדריד, ונחשב לשחקן מוכשר. הוא המשיך לשחק בכל קבוצות הגילאים של הקבוצה. ב-1996 גוטי צורף לסגל הקבוצה הבוגרת של ריאל, ובעונתו הראשונה השתתף ב-16 משחקים. באותה עונה ריאל זכתה באליפות ספרד, וגוטי זכה באליפות אירופה עד גיל 21 עם נבחרת ספרד.
בעונת 2000/1999 גוטי הבקיע שישה שערי ליגה ושער אחד בליגת האלופות. באותה עונה ריאל זכתה באליפות אירופה, ולאחר משחק הגמר מול ולנסיה גוטי הפך לשחקן הרכב קבוע בריאל.
גוטי היה אחד מהשחקנים הבולטים בריאל בעידן "הגלאקטיקוס", כאשר בעונה הראשונה של העידן כבש 14 שערים ב-32 משחקי ליגה ו-4 שערים נוספים בליגת האלופות. ריאל זכתה באליפות ספרד וגוטי עצמו צורף לסגל הנבחרת הבוגרת של ספרד. לאחר הצטרפותו של זינדין זידאן בעונת 2002/2001 חלה דעיכה במעמדו של גוטי והוא מיעט לשחק. באותה עונה ריאל זכתה באליפות אירופה פעם נוספת.
לאחר הצטרפותם של רונאלדו ודייוויד בקהאם, בעונות 2002/2003 עד 2004/2005, מעמדו של גוטי הוסיף לדעוך. אולם, לאחר שבקהאם נפצע גוטי חזר להרכב הראשון של ריאל אך לא הפגין יכולת גבוהה ואיבד את מקומו. למרות זאת, בעונת 2005/2004 גוטי הפך לשחקן הרכב קבוע בנבחרת ספרד למרות יכולתו הלא טובה בקבוצה.
מאז עונת 2004/2005 גוטי שותף בפחות משחקים, ובגלל מיעוט דקות משחק שקל לעזוב את ריאל. לאחר הגעתו של המאמן פאביו קאפלו בעונת 2006/2007 גוטי שיחק רבות בעמדת הקישור, ולקראת סיום העונה הפגין יעילות רבה כקשר יצירתי ובישל מספר שערים חשובים, מה שסייע לקבוצתו לזכות באליפות. בעונת 2007/08, כשהמאמן היה ברנד שוסטר, גוטי שיחק מספר רב יותר של משחקים, מה שבא לידי ביטוי גם בשערים שכבש, ביניהם צמד בניצחון ריאל מדריד על ריאל ואיאדוליד.
בעונת 2009/2010 כאשר כריסטיאנו רונאלדו וקאקה הצטרפו לקבוצה, מעמדו של גוטי בהרכב דעך שוב. המאמן לשעבר מנואל פלגריני החליט לצרף אותו מספר משחקים וכאשר נכנס גוטי השאיר את חותמו בכמה מאותם משחקים, זה בא לידי ביטוי כאשר נכנס כמחליף במשחק נגד ראסינג סנטאדר ובישל שער לגונסאלו היגוואין.
