קרן ניהל בהמשך מעבדת אקו לב בבית החולים איכילוב, ואת היחידה לאשפוז קרדיולוגי. משנת 2002 עד סוף שנת 2018 קרן ניהל את המערך הקרדיולוגי באיכילוב.[3][4]
קרן משלב את עבודתו כקלינאי, איש אקדמיה ואיש ניהול. קרן מכהן כראש הקתדרה לקרדיולוגיה ע"ש חיים שיבא באוניברסיטת תל אביב
ויו"ר מרכז שלזק למחקר. בין השנים 1998–2002 כיהן קרן כסגן דיקן להוראה בבית הספר לרפואה של אוניברסיטת תל אביב.
קרן בעל תואר פרופסור מן המנין מאוניברסיטת תל אביב,[5], פרסם כ-200 פרסומים מדעים.
בנוסף קרן מכהן כסגן עורך "עיתון הרפואה" ועיתון "IMAJ", בהוצאת ההסתדרות הרפואית. בין השנים 2000–2004 שירת כחבר בנשיאות המועצה המדעית של ההסתדרות הרפואית.
קרן היה שותף בפיתוח מסתם זעיר המווסת את מעבר הדם בין עליות הלב, ועל ידי כך מסייע להפחתת הלחץ העודף הקיים אצל חולי אי ספיקת לב בעלייה ובחדר השמאלי, שגורם להצפת הריאות במים ולקשיי נשימה. קרן הגה את הטכנולוגיה של חברת V-Wave והיה אחד ממקימי החברה. בשנת 2000 קרן כתב פטנט על השיטה שפיתח.[6][7]
בין השנים 1991–2001 כיהן קרן כדירקטור בחברת התרופות תרו.[8]. בית המשפט העליון נדרש לערעור בעניין המס על שכרו של קרן מחברת תרו, וקבע כי רווח של 1.2 מיליון ש"ח ממימוש אופציות אותן קיבל קרן כשכר מהחברה ימוסו בשיעור גבוה לפי סיווג של "הכנסה אחרת ממשלח יד או עסק"[9].