הלחן הראשון שכתב נצר היה לשיר "הורה נעורים" שחיבר אברהם בן זאב, לתחרות ריקודים של השומריה. הלחן לשיר "שובך יונים" של בן זאב, היה הלהיט הראשון של נצר, לאחר ששרה והקליטה אותו עליזה קשי (הופיע על גבי סינגל ב-1961).
את תקליטי השירה הראשונים הוציא בחברת "התקליט" החיפאית.
נצר קיים חוג לזמר עם בבית רוטשילד בחיפה, בתחילת שנות ה-60[2] ובעקבותיה הקים את אחת הוותיקות שבחבורות הזמר בארץ "חבורת בית רוטשילד", מקובל לראות בו את האיש שיצר את הביטוי "חבורת זמר". במהלך עבודתו עם חבורות זמר ובערבי השירה, גילה כמה זמרות, זמרים ומוזיקאים שזכו בהמשך לקריירה מצליחה. בין השאר, עדנה לב וירדנה ארזי, גדי יגיל, קובי אשרת, דני בן ישראל ועוד.
נצר היה מנהל מוזיקלי של ערבי זמר רבים, בהם שיתף את מיטב האמנים.[3][4] עד תקופתו של נצר, הייתה השירה מתנהלת בעזרת דפי שירה ושירונים, ייחודו היה בהמצאת השקופיות למילים, שהוקרנו מול הקהל המזמר.[5] הוא הנהיג את החלוקה ל"בנים-בנות" באמצעות רקע למילים בתכלת או באדום.
בתקופת מלחמת ששת הימים כבר נחשב ל"מלך השירה בציבור" והופיע בפני החיילים עם אומנים רבים. כך נהג גם בתקופת מלחמת לבנון הראשונה ואחריה. בתקופת מגפת הקורונה, התבטלו אירועיו, ולכן פנה לעשייה בפייסבוק, יחד עם המלווה יאיר סתווי[1].
ב-24.9.1991 נרשם ביצוע יוצא דופן לזכותו של אפי נצר כשחברת התעופה British Airways הודיעה על תחרות הטיסה המיוחדת בין כל מטוסי החברה הטסים ללונדון. בראיון לחוקר הזמר עפר גביש (14.8.2024) סיפר נצר שארגן "שירה בציבור בגובה 30,000 רגל". הדפיס שירונים, הביא לטיסה אקורדיון, והפעיל את הנוסעים. המבצע זיכה אותו במקום השני העולמי[4].
נצר הוציא חמישה ספרי שירים שבכל אחד מהם ליקט 200 שירים של טובי היוצרים בארץ. הספרים מכילים מילים, תווים ואקורדים לנגינה.
2001 - פרס "נוצת הזהב" של אקו"ם על הפצת הזמר העברי, ופרס "מגן הכנסת" באותה הקטגוריה.
2006 - אות יקיר חיפה, על הלחנת מאות שירים, ייסוד השירה בציבור, הטבעת המונח "חבורות הזמר", הקמת מועדוני הזמר הראשונים בארץ וכן מקהלות רבות של מפעלי ועובדי תעשייה בארץ.
”אפי נצר, יוצר-מלחין, יליד הארץ, גדל והקים את ביתו בחיפה. קשה לחשוב על המוזיקה הישראלית ללא אפי נצר האיש והאקורדיון, הוא מאבות השירה בציבור בארץ ועד היום גם בגיל 80 הוא ממלא אולמות ופועל במרץ מעל כל במה אפשרית כדי להנחיל את השירים הללו לכל בית בישראל. אפי מדרבן את הקהל לשיר עוד ועוד משירת הארץ הכל כך אהובה עליו. הוא עושה זאת בכריזמטיות הייחודית לו, בשמחת חיים ובאנרגיות שאינן ברורות מאליהן”.[10]