אסתר עובדיה נולדה בביטולה (מונאסטיר) למשפחה קשת יום בשכונה היהודית בביטולה. היא עבדה ככובסת במקביל ללימודיה בבית הספר היסודי והצטרפה לקן תנועת השומר הצעיר בעירה. ב-1938, בסיוע ארגון ויצו, נשלחה ללימודי מקצוע בבלגרדבירת הממלכה ובה הושפעה מחוגי השמאל הפוליטי, עד שהצטרפה לתנועת הנוער של המפלגה הקומוניסטית. ב-1941, לאחר כיבוש יוגוסלביה בידי גרמניה הנאצית ומסירת מקדוניה לחזקת בולגריה בשל הצטרפותה להסכם התלת-צדדי, שבה אסתר לביטולה והצטרפה למחתרת שפעלה בעיירה. היא חמקה ממעצר והצטרפה לכוחות הפרטיזנים.
גדוד הפרטיזנים בו לחמה אסתר ניהל קרבות שונים מול חיילי הצבא האיטלקי, הבולגרי והוורמאכט והסב אבדות כבדות יחסית לכוחות השונים. בינואר 1944 מונתה אסתר לקומיסר פוליטי של גדוד פרטיזנים. במרץ 1944 תקפה חטיבת פרטיזנים ובכללה גדודה של אסתר את תחנת הרכבת בעיירה ריסטובאץ, הסמוכה לווראניה, והצליחה לכבוש אותה ולפגוע קשות בכוחות הבולגריים והגרמניים שהגנו על המקום. פעולותיה של אסתר עובדיה בקרב זה הוציאו את שמעה למרחוק. ב-26 באוגוסט 1944, בעת הסתערות כוח פרטיזנים על עמדות הצבא הבולגרי בפסגת קיימאקצאלאן, נפגעה אסתר מכדור בראשה ונהרגה במקום.
הנצחתה
אסתר עובדיה הפכה גיבורה לאומית ביוגוסלביה והונצחה בכתבים ובשירים עממיים שנכתבו לאחר מלחמת העולם השנייה. ב-11 באוקטובר1953 העניק לה נשיא יוגוסלביה יוסיפ ברוז טיטו את עיטור "גיבורת יוגוסלביה". רחוב ברמת בית הכרם בירושלים מנציח את שמה. בביטולה פועל גן ילדים עירוני ע"ש אסתר עובדיה-מארה. אף על פי שבעיר לא מתגוררים יהודים, אומץ הגן על ידי הקהילה היהודית בסקופיה ומועברים בו תוכני מורשת יהודית.