מתוך 51 המדינות שהשתתפו בוועידה חתמו 48 על האמנה. צ'כוסלובקיה, פולין וברית המועצות סירבו לחתום, אך ב-19 באוקטובר1956 חתמה ברית המועצות על הסכם נפרד עם יפן שסיים רשמית את המלחמה בין המדינות. הממשלה הפיליפינית סירבה לאשרר את האמנה מכיוון שלא הסדירה פיצויים לקורבנות עבדות מינית, אולם ב-9 במאי 1956 הגיעו יפן והפיליפינים להסדר פיצויים, אף על פי ששוב לא כלל את קורבנות העבדות המינית, וב-16 ביולי אישרה הפיליפינים את חוזה סן פרנסיסקו.[3] גם ממשלת אינדונזיה סירבה לאשרר את האמנה, פעם נוספת בשל נושא הפיצויים, אך לאחר מכן, ב-20 בינואר1958, חתמה על הסכם שלום נפרד שהסדיר את נושא הפיצויים בין המדינות.[4]
לפי סעיף 3 באמנה הפכו איי בונין ואיי ריוקיו, בהם אוקינאווה ואיים נוספים, לאזורי נאמנות אמריקאיים. עד 1972 השיבה ארצות הברית את כל השטחים הללו לריבונות יפנית. בסעיף 11 קיבלה יפן את הכרעות בית הדין הבינלאומי הצבאי למזרח הרחוק ואת הכרעותיהם של בתי דין אחרים של בעלות הברית לפשעי מלחמה והתחייבה לאכוף את עונשי המאסר ועונשים אחרים שהוטלו במסגרת בתי דין אלה על אסירים שהיו כלואים ביפן.
באמנה נקבעו גם כללים מנחים לגבי תשלום פיצויים לשבויי מלחמה ותוקפנות צבאית עתידית, לפי מגילת האומות המאוחדות. האמנה ביטלה את ההסכמים שקדמו לה והניחה את המסגרת להקמת כוחות ההגנה העצמית של יפן, שנועדו להגנה בלבד.
שאלה סביב הריבון בטאיוואן התעוררה עקב נוסח האמנה, שכן בטאיוואן טענו שמכיוון שהאמנה שותקת לגבי הריבון, אזי היא לא תחת ריבונות הרפובליקה העממית של סין. אחד ממנסחי האמנה, מזכיר המדינה של ארצות הברית, ג'ון פוסטר דאלס, אישר לאחר מכן טענה זו, ואמר שהאמנה רק מבטלת את ריבונות יפן על האי. מכיוון שכך ארצות הברית לא יכלה להתייחס לנושא כבעיה סינית פנימית.[5]
פיצויים לאזרחי בעלות הברית ולשבויי מלחמה
מסירת נכסים יפניים מעבר לים
בהתאם לסעיף 14 לאמנה, החרימו בעלות הברית את כל הנכסים היפניים, לרבות כאלה של חברות ואזרחים פרטיים, בכל אזורי הכיבוש, מלבד בסין, בה התמקד סעיף 21. סין קיבלה לרשותה את כל הנכסים היפניים במנצ'וריה ובמונגוליה הפנימית שכללו תשתית.
סך שווי נכסי יפן בסין הגיע ל-$18,758,600,000 ב-1945. עם התאמת האינפלציה, שווי הנכסים ב-2016 היה עומד על $249,262,801,404.
פיצויים לשבויי מלחמה
בסעיף 16 לאמנת סן פרנסיסקו נכתב:
כביטוי לרצונה לפצות את חברי הכוחות המזוינים של בעלות הברית שסבלו תחת העול בזמן היותם שבויי מלחמה של יפן, תעביר יפן את נכסיה ואת נכסי אזרחיה במקומות שהיו ניטרליים במהלך המלחמה, או שהיו במקום שנמצא במלחמה כנגד אחת מבעלות הברית, או, לחלופין, כל המקבילים לנכסים כאלה, לצלב האדום שיממש נכסים אלה ויחלק את ההון שיתקבל לסוכנויות הלאומיות המתאימות, לטובתם של שבויי מלחמה לשעבר ומשפחותיהם לפי בסיס שיימצא הוגן בעיניו.
בהתאם לכך שילמה יפן ארבעה וחצי מיליון לירה שטרלינג לצלב האדום. סעיף זה שימש לאחר מכן כהגנה מפני תביעות פיצויים של שבויי מלחמה לשעבר כנגד יפן.
שטחי בעלות הברית תחת כיבוש יפני
סעיף 14 לאמנה קבע:
יפן תיכנס מידית למשא ומתן עם כל בעלת ברית שתרצה בכך, ששטחיה בהווה נפלו תחת כיבוש כוחות יפניים ושספגה נזקים מידי יפן, במטרה לנסות ולפצות את המדינות האלה על עלויות התיקונים בעקבות הנזק שנגרם, על ידי הצעת שירותם של אנשים יפנים בייצור, פינוי ועבודות אחרות.
בהתאם לכך, קיבלו הפיליפינים ודרום וייטנאם פיצויים ב-1956 וב-1959, בהתאמה. בורמה ואינדונזיה לא אישרו את החוזה תחילה, אך לאחר מכן חתמו עם יפן על הסכמים נפרדים, בהתאם לסעיף 14.
פיצויים למדינות תחת כיבוש בשנים 1941 - 1945
מדינה
סכום בדולר אמריקני
בורמה
200,000,000
הפיליפינים
550,000,000
אינדונזיה
223,080,000
וייטנאם
38,000,000
סך הכול
000,$1,012,080
התשלום האחרון במסגרת הסדרי הפיצויים נמסר לפיליפינים ב-22 ביולי1976.
Kratoska, Paul H. Tensions of Empire: Japan and Southeast Asia in the Colonial and Postcolonial World. NUS Press, 2003. ISBN 9789971692810.
Sajor, Indai Lourdes. "Militsry Sexual Slavery: Crimes Against Humanity" in Gurcharan Singh Bhatia (ed.). Peace, Justice and Freedom: Human Rights Challenges for the New Millennium. University of Alberta, 2000. ISBN 9780888643391.
