לדבריו, שנותיו במשמר העמק היו חשובות ומכריעות, רצופות קונפליקטים עם דמות הצבר ועם עצמו. עם זאת, היו אלה שנים מבורכות של היחשפות לתרבות הארץ והמערב. בתקופה זו נחשף לאבות המייסדים שראה בהם דמויות מופת. הוא טען שהכאב הגדול מכל עבורו הוא פסילת תרבותו של האחר. הכפייה התרבותית הייתה שגויה ומקוממת, לדעתו לא ניתן לתלוש את האדם משורשיו התרבותיים. הוא דוגל בתרבות המערבית אך השינוי חייב להיות איטי, מאוזן ובקצב המתאים לכל קבוצה ושבט והוא חייב לבוא כתוספת ולא במקום. בספריו ביטא בין היתר את ייסורי העלייה והקליטה, משבר התרבויות, מזרח ומערב, הזר והשונה, חלש מול חזק, ותיק ועולה שצריך לעצב את עצמו בחברה משתנה.
בשנת 2006 הציע הבלוגראורי קציר יחד עם גורמים נוספים לבחור באלי עמיר לנשיא המדינה. ההצעה זכתה להדים רחבים בתקשורת הישראלית ובעיקר בתקשורת הערבית: השבועון המצרי הנפוץ "רוז אל-יוסוף" שיבח את ההצעה והדגיש כי יצירתו של עמיר מעוגנת בשפה ובתרבות הערבית. עמיר השיא משואה ביום העצמאות ה-69 של מדינת ישראל, שעמד בסימן יובל שנים לאיחוד ירושלים.
בספרו "והימים לא חלפו", כותב עמיר על משפחתו: "אני חושב שבאותה תקופה שלי כנער אופניים התחלתי להתפכח, וביתר שאת כשהשתחררתי מהצבא. איך אפשר שלא: משפחה של תשע נפשות, אבא לא עובד, היה לו פגם בראיה שהלך והחמיר. הפקיד ראה אדם עם כתם בשתי עיניו ואמר זה עיוור והעביר אותנו לכפר לעיוורים בגדרה. אני נשלחתי לירושלים כדי לעבוד וללמוד בערב כדי שהמשפחה כולה תוכל לעבור. חשבתי שאני מביא אותם לירושלים לגאולה. כשסוף סוף הצלחתי זה היה לקטמונים לשיכון מחורבן..."
לעמיר שלושה ילדים.
קריירה
עם שחרורו מצה"ל עבד כמנהל הארכיון של משרד ראש הממשלה והחל את לימודיו באוניברסיטה העברית בירושלים בפקולטה למדעי המזרח, בה למד ספרות ערבית ולימודי המזרח התיכון.[3] משנת 1964 ועד סוף שנת 1968 עבד כעוזר ראשי ליועץ לענייני ערבים לראש הממשלה, ומיד אחרי מלחמת ששת הימים ניהל את לשכת היועץ במזרח ירושלים. בסוף 1968 נקרא על ידי לובה אליאב, סגן שר הקליטה, להצטרף לצוות ההקמה של המשרד לקליטת עלייה בראשות השר יגאל אלון. היה עוזרם של לובה אליאב ושל שמעון פרס כשהיה שר הקליטה אחרי יגאל אלון. כיהן בשורה של תפקידים במשרד כולל מנהל מחלקה, מחוז, סמנכ"ל, משנכ"ל ומ"מ מנכ"ל. תוך תקופה זו (1978-1975) כיהן כמנכ"ל הפדרציה הספרדית בארצות הברית ואחר כך כמתאם החזרת יורדים ארצה.
בשנת 1984 נבחר לכהן כמנכ"ל עליית הנוער בסוכנות היהודית והמשיך בתפקידו במשך עשרים שנה. טיפל בנוער ישראלי במצוקה ועם זאת דאג לקלוט בין היתר את עולי אתיופיה וחבר המדינות. בתקופתו הפכה עליית הנוער לגדולה ביותר מאז שנוסדה, לראשונה בתולדותיה דרש ממשרד החינוך תגבור לימודי והגשת חניכי עליית הנוער, כיתר התלמידים בארץ, לבחינות בגרות, כולל עולים חדשים מאתיופיה וחבר העמים, הוא דאג לשלב את הורי התלמידים בתהליך החינוכי של בניהם. הטיף לחניכי עליית הנוער להיות סובלניים לשונה ולזר, למיעוטים ולעולים החדשים, לתרום לחברה ולמדינה ולהיות פתוחים לתרבויות של האחרים. היה בין מקימי הקהילה החינוכית התיישבותית ניצנה יחד עם לובה אליאב ואורי גורדון וכיהן כיו"ר הוועד המנהל שלה במשך עשרים שנה עד פרישתו לגמלאות.
כיהן כמרצה אורח באוניברסיטאות בישראל ובחו"ל ומרצה בתחומים שונים. כתב לעיתונות בישראל ובעולם, במשך שנים רבות השתתף בתוכנית רדיו שבועית ברשת ב' יחד עם גאולה כהן שנודעה בשם "על ימין ועל שמאל".
עמיר פעל שנים רבות למען צמצום הפערים בחברה הישראלית, טיפול בנוער ובמשפחות במצוקה, מתן ביטוי לתרבותם של יהודי ארצות ערב והנהגת לימודי ההיסטוריה שלהם בבתי הספר. היה חבר בוועדות ציבוריות וממשלתיות רבות וביניהן "ועדת ראש הממשלה לילדים ובני נוער במצוקה" בראשות גולדה מאיר. הטיף ללימוד השפה הערבית, הכרת הספרות, התרבות והמוזיקה של ארצות ערב. פעל למען שלום והידברות עם ארצות ערב והשתתף בעשרות כנסים עם פלסטינים ומשלחות מארצות ערב. בין היתר כיהן כנציג ישראל בוועדה המולטילטרלית למען פליטים ערבים במסגרת הסכמי אוסלו.
אלי עמיר חבר בוועד המנהל של אגודת אכסניות הנוער בישראל משנת 2008. כמו כן, חבר בוועדת חינוך של אנ"א. חבר המועצה הציבורית של הקרן החדשה לישראל.
השבועון הגרמני "דר שפיגל" השווה אותו לנגיב מחפוז המצרי בכתבה על ספרו "מפריח היונים", כך כתב גם הנויה צירכר צייטונג השווייצרי וכן עשה אוקטובר המצרי שפרסם עליו כתבה נרחבת וגם הוא כינה אותו מחפוז הישראלי.
נורית גוברין, "אלי עמיר: שתי פנים ללב" על הספר: 'מה שנשאר'. בתוך: נורית גוברין: 'קריאת הדורות - ספרות עברית במעגליה', כרך ו', הוצאת גוונים ואוניברסיטת תל אביב, תשע"ה/2015. (הספר בקטלוג ULI)
בר-און יקב, ליבו במזרח, במוסף שבת, "מקור ראשון", ז' באדר א' תשע"א, 11 בפברואר 2011
רחלי אברהם-איתן, מבגדאד לישראל: עיון משווה בטרילוגיה של אלי עמיר: יסמין מול מפריח היונים ותרנגול כפרות, עם עובד, 2011. (הספר בקטלוג ULI)
נורית גוברין, "הוא יהיה בגדאדי בביתו ובן המערב בצאתו" - על ספרו של אלי עמיר: 'נער האופניים'. 'הארץ. תרבות וספרות', כ"ד באדר א' תשע"ט (1 במרץ 2019) עמ' 1; 4. עם איור של אלי עמיר פרי מכחולו של ערן וולקובסקי
