אטוואלפה ז'ופנקי נולד בשם אקטור רוברטו צ'אברו אראמבורו (Héctor Roberto Chavero Aramburu) במחוז פרגמינו (צפון פרובינציית בואנוס איירס), במרחק של כ-200 קילומטרים מבואנוס איירס. אביו היה מסטיסו ממוצא קצ'ואהובסקי, ואילו אמו נולדה בחבל הבאסקים. משפחתו עברה לעיר טוקומאן שבצפון-מערב המדינה כשהיה בן תשע.
בשנותיו הראשונות טייל רבות בצפון-מערב ארגנטינה ובאלטיפלאנו במטרה ללמוד על תרבות הקלצ'אקי (Calchaquíe) שהם הילידים המקוריים של האזור. הוא נעשה פעיל פוליטית והצטרף למפלגה הקומוניסטית של ארגנטינה. בשנת 1931 השתתף בהתקוממות הכושלת של האחים קנדי (אין קשר לנשיא ארצות הברית ג'ון פיצג'רלד קנדי) נגד ממשלתו בפועל של חוסה פליקס אוריבורו (José Félix Uriburu) ובתמיכה בנשיא המודח איפוליטו איריגוז'ן (Hipólito Yrigoyen). לאחר שהובס המרד, הוא נאלץ לחפש מקלט באורוגוואי. הוא חזר לארגנטינה ב-1934.
בשנת 1935 ביקר אטוואלפה ז'ופנקי לראשונה בבואנוס איירס. יצירותיו נהיו פופולריות, והוא אף הוזמן להופיע ברדיו. זמן קצר לאחר מכן הכיר את הפסנתרנית אנטונייטה פאולה פפין פיצפטריק (Antonieta Paula Pepin Fitzpatrick), שכונתה "ננט" (Nenette). ז'ופנקי וננט חיו כזוג כ-48 שנה עד מותו של ז'ופנקי. אנטונייטה אחראית לכמה מיצירותיו, אך בגלל הרוח המצ'ואיסטית של התקופה היא נאלצה לפרסם את היצירות תחת השם הבדוי "פבלו דל סרו" (Pablo Del Cerro, שם גברי).
בתקופת שלטונו הראשונה של חואן פרון (1946 ל-1952) צונזרה עבודתו של ז'ופנקי, ומספר פעמים הוא אף ישב בכלא בגלל השתייכותו למפלגה הקומוניסטית בארגנטינה. בין השנים 1944–1949 הוגלה לאורוגוואי ושם המשיך להופיע וליצור.
ב-1949 הוא עזב לאירופה. ב-7 ביולי 1950 הופיע עם אדית פיאף. ההופעה הביאה לחתימה על חוזה עם חברת ההקלטות "Chant Du Monde", אשר הוציאה את התקליט הראשון שלו באירופה "Minero Soy" ("כורה פחם הנני"). תקליט זה זכה בפרס "התקליט הזר הטוב ביותר" מטעם אקדמיית שארל קרו (Académie Charles-Cros). בעקבות הצלחת התקליט הופיע ז'ופנקי ברחבי אירופה.
בשנת 1952 הוא חזר לארגנטינה. הוא פרש מהמפלגה הקומוניסטית. כתוצאה מכך הצנזורה והלחץ מצד השלטון פחתו, והוא חזר להופיע. בהמשך עזב עם ננט את בואנוס איירס לסרו קולורדו (Cerro Colorado, קורדובה).
לימים חוברה צ'קררה בשם A Don Ata שבוצעה בידי הזמרת סולדד פסטורוטי, ושמילותיה כוללות אזכורים לרבים משיריו המוכרים.
אטוואלפה ז'ופנקי נדד בין ביתו שבבואנוס איירס לביתו שבבסרו קולורדו (Cerro Colorado), מחוז קורדובה. בשנים 1963–1964 הופיע בקולומביה, יפן, מרוקו, מצרים, ישראל ואיטליה. ב-1967 יצא לסיבוב הופעות בספרד ובצרפת והתום הסיור הוא התיישב בפריז. אטוואלפה ז'ופנקי ביקר והופיע בקביעות במולדתו ארגנטינה, בשנות ה-1970 השתתף והופיע בסרטים "Argentinísima I" ו-"Argentinísima II" לצד זמרים מובילים בפולקלור הארגנטינאי.
בשנת 1976, עם השתלטות החונטה הצבאית של חורחה וידלה, פחתו ביקוריו של ז'ופנקי בארגנטינה. בפברואר 1968, ז'ופנקי מונה לאביר מסדר האמנויות והספרות של צרפת על ידי משרד התרבות של אותה מדינה, לכבוד 18 שנות עבודה להעשרת ספרות האומה הצרפתית. חלק משיריו נכללים בתוכניות של מכונים ובתי ספר שבהם נלמדת ספרות בספרדית.
בשנת 1985, קרן קונקס מארגנטינה (Fundación Konex) העניקה לאטוואלפה ז'ופנקי את פרס "יהלום הקונקס" (Premio Konex de Brillante), זהו אחד הפרסים היוקרתיים בארגנטינה, כמוזיקאי הפופולרי החשוב ביותר בעשור האחרון בארצו.
בשנת 1989 אוניברסיטת נאנטר ביקשה מז'ופנקי לכתוב את המילים לקנטטה לציון מאתיים שנהלמהפכה הצרפתית. היצירה, שכותרתה "המילה הקדושה" (Parole sacrée) הוצגה בפני ההנהגה הבכירה בצרפת. היצירה לא הייתה זיכרון של עובדות היסטוריות אלא מחווה לכל העמים המדוכאים ששחררו את עצמם.
אטוואלפה ז'ופנקי נפטר בעיר נים שבצרפת ב-1992 בגיל 84. שרידיו נשרפו ופוזרו בסרו קולורדו (Cerro Colorado, קורדובה) ב-8 ביוני 1992.
השירים המוכרים ביותר
רבים משיריו של ז'ופנקי עוסקים בפרובינציה של טוקומן בה הרבה לטייל, בנופיה, במנהגים, ונעשה בהם שימוש בסלנג המקומי, וביניהם:
.svg){kind=logo}
