Durante moitos anos, esta rexión estivo habitada por tribos dieguitas. O descubridor Diego de Almagro chegou ao val de Copiapó en 1536, dando inicio ao descubrimento de Chile.
Durante a colonia, foi coñecida como o límite setentrional do país. O 8 de decembro de 1744 fundouse a cidade de San Francisco de la Selva, hoxe en día Copiapó. En 1789 fundouse por orde do Gobernador Ambrosio O'Higgins, a cidade de Vallenar.
Xa durante o período da República, Juan Godoy descobre o mineral de prata de Chañarcillo en 1832. Grazas a este descubrimento Chile converteuse nun dos principais produtores deste metal no mundo que permite que poidese brotar a súa propia economía nacional. Para mellorar o transporte do mineral cara ao exterior construíuse a primeira liña férrea do país, feita por William Wheelright, mercante mariño norteamericano, unindo a Copiapó con Caldera (1851). Co transcurso do tempo, Santiago, a capital de Chile, comeza a cobrar un imposto á minaría atacameña, dando comezo a un conflito bélico entre Atacama e Santiago, a Revolución de 1859. A pesar de que o bando rexionalista (Exército da revolución constituíntes de Atacama) foi derrotado na Batalla de Cerro Grande 1859, o conflito propiciou a fin da República Conservadora.
En 1916 comezou a explotación do chumbo en Potrerillos, forxando unha buliciosa cidade, que actualmente encóntrase deshabitada e que sobrevive basicamente dos restos da fundición dos minerais, agora explotados na mina de El Salvador.
División administrativa da Rexión
A Rexión de Atacama, para efectos de goberno e administración interior, divídese en 3 provincias: