Fundado en 1991, integrouse á Lliga Andorrana de futbol en 1995 obtivendo o sétimo posto entre doce competidores. Nos seus inicios o club tivo un forte apoio de Construccions Modernes, unha empresa ligada á construción, ata o punto que as súas iniciais CM perduraron no seu escudo até 2019.
Inter Club d'Escaldes, campión da Lliga Biosphere 2016-17
Inter foi un permanente protagonista dentro da máxima categoría, a pesar de que nunca lograse gañar a competición até 2020. O seu máximo logro foi a obtención de dous terceiros lugares: na tempada 1999-2000 e na tempada 2000-01. Nesta última edición da liga mesmo alcanzou o liderado nunha xornada: a cuarta.
A tempada 2002-03 foi especial para o club: sería a última na que conseguiu acceder ao play-off polo título conseguindo o cuarto posto. Pero ademais rexistrou a súa mellor campaña na Copa Constitució: alcanzou a súa única final no certame, na que foi derrotado por FC Lusitanos por 2-0.
No entanto, no resto das tempadas o Inter loitou por conservar a categoría: chegou a disputar tres veces a Promoción, despois de acabar na penúltima posición da fase regular e o posterior play-off pola permanencia. O seu momento máis angustiante foi na tempada 2008-09, cando logrou manterse en Primeira División despois de imporse por 10-9 na quenda de penaltis contra o Atlètic Club d'Escaldes (logo de que cada un gañase por 2-1 o seu respectivo partido como local).
Con todo, o descenso fíxose inevitable tras a tempada 2014-15, cando o club situouse na última posición logo dunha precaria campaña na que gañou un só partido, empatou outro e perdeu 18. O 19 de abril de 2015 confirmouse a caída á Segunda División despois da derrota por 2-1 ante o Futbol Club Encamp no Camp d'Esports d'Aixovall.
Unha vez na segunda categoría, o Inter tivo un cambio na xunta directiva que significou un envorco na súa xestión: ademais de modificar o seu escudo ao actual, o club potenciouse con algúns xogadores de vasta traxectoria e que posuían internacionalidades na selección de fútbol de Andorra como Xavi Andorrà, Dani Mejías e Dani Ferrón, entre outros. Incluso o técnico daquela tempada Álex Somoza tivo experiencia na absoluta como xogador.
Logo de lograr ser campión da Primeira División de Andorra 2019-20[1] puido ter o dereito de poder participar na liga de Campións da UEFA 2020-21, desde a Rolda Preliminar. Esta participación histórica representa a primeira vez na historia do club na que participa nun torneo internacional oficial.
.jpg)
