O seu nome débese ao normandoJean de Bethencourt, quen a fundou xunto con Gadifer de la Salle en 1404. O val de Betancuria foi o primeiro asentamento da illa. Desde a conquista, Betancuria converteuse na capital e sede de diversos órganos de goberno, relixiosos e administrativos (cabido, xulgados etc.).
En 1593 foi practicamente arrasada por unha invasión berberisca, sendo destruída a Igrexa Catedral de Santa María de Betancuria, aínda que foi reconstruída anos despois.
A partir do século XIX, Betancuria foi perdendo progresivamente poder a favor doutros núcleos de poboación (grazas ao seu desenvolvemento económico), como Pájara, La Oliva, Antigua ou Puerto de Cabras. Finalmente en 1834 perdería a capitalidade da illa.
Lugares de interese
Na ermida de Vega de Río Palmas atópase a imaxe da Nosa Señora da Pena, patroa de Fuerteventura. En setembro celébrase unha romaría na súa honra, de gran participación popular. Outro núcleo de poboación constitúeo o Valle de Santa Inés, onde se atopa a Ermida de Santa Inés, construída pouco logo da conquista.
A vila conta ademais cun Museo de Arte Sacra e o Museo Arqueolóxico e Etnográfico.