Nei njoggen jier waard der al in nij stasjonsgebou iepene yn Boxtel, mar der wurdt oan twivele of't it wier in folslein nij gebou wie of dat it giet om in yngreven ferbouwing en útwreiding mei twa fleugels fan it stasjonsgebou út 1863.[1] It sintrumgebou fan dit twadde stasjonsgebou hie yn protte oerienkomsten mei it eardere gebou fan it type SS fjirde klasse. Yn 1890 is de linkerkant fan it stasjon nochris ferlinge.
Foar de spoarferdûbeling fan twa nei fjouwer spoaren tusken Boxtel en Eindhoven waard in nij stasjon boud mei twa eilânperrons, ferbûn troch in glêzen rinbrêge oer de spoaren. De bou fan it nije stasjon begûn yn 1996 mei de pleatsing fan de kuierbrêge. Heal 1998 waard it âlde stasjonsgebou ôfbrutsen. It nije stasjonsgebou in ûntwerp fan arsjitekte Wienke Scheltens waard iepene yn 2000.
It stiet mear yn de rjochting fan it doarpssintrum, op it plak dêr 't eartiids spoar 1 en 2 leine. It nije gebou hat in hege stasjonshal en wachtromte dêr't in kiosk yn fêstige is. Yn 2012 waard bekend dat ProRail it stasjon fan Boxtel yngreven ferbouwe soe. Doe is de kape oan de foarkant fan de hal nei efteren skood, sadat de kaartsjesautomaten ûnder it dak pleatst wurde koene.
Noardlik fan it stasjon stiet oan de Parallelweg Noord de eardere frachtloads fan Van Gend & Loos. Fuort dêrefter, oan de Spoorstraat 9, in wite houten wenning út 1899. Dit wie de tsjinstwenning fan de Steatsspoarwegen en is no in ryksmonumint.
Rydt yn de moarnsspits fan moandei o / m tongersdei twa ritten fan / nei Oss, wêrby 't rjochting Deurne non-stop riden wurdt tusken Oss en De Bosk. Wurdt op woansdei - en tongersdeitejûn nei 23:00 oere fan Eindhoven Sintraal nei Deurne ferfongen troch sprinter 14400.