Ses recherches exégétiques l'amènent à développer l'hypothèse « révolutionnaire » d'une datation basse pour l'aboutissement rédactionnel du Pentateuque hébraïque, qu'il situe dans la seconde moitié du IIIe siècle av. J.-C. et présente comme une compilation autoritative[5], quand la datation habituelle le situe plutôt entre le début et le milieu du siècle précédent[6]. Il a également démontré que l'institution du shabbat hebdomadaire n'appartient pas au cœur initial de la Torah mais constitue un ajout datant du Second Temple[7].
Étienne Nodet participe à la première série d'émissions de Gérard Mordillat et Jérôme Prieur sur la naissance du christianisme, Corpus Christi (1997-1998) qui connaît un grand retentissement après sa première diffusion sur la chaîne télévisée culturelle franco-allemande Arte.
Essai sur les origines du judaïsme, Paris, Cerf, 1992 ;
Les Antiquités juives, livres I à IX (4 vol.), introduction et texte, traduction et notes, Paris, Cerf, 1990, 1995, 2001, 2005 ;
La Bible de Josèphe, I : Le Pentateuque, Paris, Cerf, 1996 ;
Avec J. Taylor : Essai sur les origines du christianisme, Paris, Cerf, 1998 ;
« Les dernières vingt-quatre heures de Jésus », dans Michel Quesnel, Yves-Marie Blanchard et Claude Tassin (dir.), Nourriture et repas dans les milieux juifs et chrétiens de l'Antiquité. Mélanges offerts au Professeur Charles Perrot, Paris, Cerf, coll. « Lectio divina, 178 », 1999, p. 155-169 ;
Baptême et résurrection, Paris, Cerf, 1999 ;
Flavius Josèphe : l'homme et l'historien, traduction française de Josephus, the Man and Historian de H. St. J. Thackeray (1929), avec annotation et appendice sur la version slavonne de la Guerre, Paris, Cerf, 2000 ;
Le Fils de Dieu. Procès de Jésus et évangiles, Paris, Cerf, 2002 ;
Histoire de Jésus ? Nécessité et limites d'une enquête, Paris, Cerf, 2004 ;
La Crise maccabéenne. Historiographie juive et traditions bibliques, Paris, Cerf, 2005 ;
La Porte du ciel. Les Esséniens et Qumrân. Quelles origines ? Quelles postérités ?, Paris, Cerf, 2016 (ISBN2204114812) ;
Les Romains, les Juifs, et Flavius Josèphe, avec une préface de Mireille Hadas-Lebel. Paris, Cerf, 2019 ;
Les Samaritains, Paris, Cerf, 2022.
Ouvrages collectifs
Naissance de la méthode critique, Paris, Cerf, 1992
Le Judaïsme à l'aube de l'ère chrétienne, Paris, Cerf, 1999
Le Judéo-christianisme dans tous ses états, Paris, Cerf, 2001
↑ abcde et fChristel Juquois, « Mort d’Étienne Nodet, grand connaisseur de l’Antiquité juive », La Croix, (ISSN0242-6056, lire en ligne, consulté le )
↑Etienne Nodet, Essai sur les origines du judaïsme: de Josué aux Pharisiens, Cerf, , p. 152-153, cité par Innocent Himbaza, Le Décalogue et l'histoire du texte : Études des formes textuelles du Décalogue et leurs implications dans l'histoire du texte de l'Ancien Testament, Saint-Paul, (ISBN978-3-7278-1496-9), p. 276
↑(en) Bernd J. Diebner, Ingrid Hjelm, Niels Peter Lemche et Ingrid Hjelm, « Undesirable Developments in Biblical Studies (Old Testament) », dans Failed Methods and Ideology in Canonical Interpretation of Biblical Texts, Routledge, , 7–25 p. (ISBN978-1-003-44032-1)
↑Christophe Batsch, La guerre et les rites de guerre dans le judaïsme du deuxième Temple, Brill, (ISBN978-90-474-0553-5)